Electronic Theses and Dissertation

Aceh merupakan wilayah strategis dengan sumber daya laut yang tinggi dikarenakan
letaknya yang diapit oleh selat Malaka, laut Andaman, dan samudera Hindia. Perairan
Aceh memiliki tipe geografis perairan, suhu permukaan laut, dan kesuburan perairan
yang dapat mempegaruhi berbagai jenis keragaman ekosistem laut seperti ikan di
perairan tersebut. Ikan kakap merupakan salah satu komoditas yang bernilai ekonomis
tinggi dan cukup laris dipasaran, baik didalam negeri maupun diluar negeri, salah
satunya adalah kakap Lutjanus xanthopinnis. Spesies ikan kakap L. xanthopinnis
merupakan spesies baru yang dideskripsikan ulang dari Lutjanus Madras. Tujuan
penelitian ini untuk mengetahui struktur variasi genetik dari L. xanthopinnis di
perairan Utara Aceh dengan menggunakan gen COI Fish. Penelitian ini dilakukan pada
bulan Oktober 2022 sampai dengan bulan Maret 2023. Pengambilan sampel ikan
kakap L. xanthopinnis dari hasil tangkapan nelayan di perairan utara Aceh di
Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) Lampulo, Kecamatan Kuta Alam, Banda Aceh.
metode ekstraksi dilakukan dengan protokol C-TAB yang telah dimodifikasi.
Amplifikasi DNA dengan teknik PCR menggunakan primer COI Fish sebagai
penanda. Sebanyak 8 sampel berhasil diamplifikasi dengan panjang basa 629 bp. Nilai
jarak genetik antar populasi (interspesies) yaitu 0,0032-0,0108 dan dalam populasi
(intraspesies) sebesar 0,0000-0,0023 serta nilai Fst yaitu sebesar 0,74325 yang
menunjukkan bahwa semua populasi memiliki kekerabatan yang dekat. Nilai
keragaman genetik (Hd) pada populasi Utara Aceh sebesar 0,60714 sehingga dapat
dikatakan bahwa kondisi ikan kakap L. xanthopinnis di perairan tersebut berada dalam
kondisi yang stabil.
Kata Kunci: Variasi genetik, Lutjanus xanthopinnis, populasi, filogenetik.

Aceh is a strategic region with abundant marine resources due to its location between the Malacca Strait, the Andaman Sea, and the Indian Ocean. The waters of Aceh have diverse geographical characteristics, sea surface temperatures, and water fertility that can influence various types of marine ecosystem diversity, such as fish in those waters. The snapper is one of the highly valuable and popular commodities, both domestically and internationally, particularly the Lutjanus xanthopinnis species. The L. xanthopinnis fish species is a newly re-described species from Lutjanus Madras. The purpose of this research is to determine the genetic variation structure of L. xanthopinnis in the waters of Northern Aceh using the COI Fish gene. This research was conducted from October 2022 to March 2023. The sampling of L. xanthopinnis was carried out from fishermen's catches in the northern waters of Aceh at the Samudera Fisheries Port (PPS) Lampulo, Kuta Alam District, Banda Aceh. The extraction method was performed using a modified C-TAB protocol. DNA amplification was conducted through PCR technique using COI Fish primers as markers. A total of 8 samples were successfully amplified with a base length of 629 bp. The genetic distance values between populations (interspecies) ranged from 0.0032 - 0.0108, while within populations (intraspecies) it ranged from 0.0000 - 0.0023. The Fst value was 0.74325, indicating that all populations have close relatedness. The genetic diversity value (Hd) in the Northern Aceh population was 0.60714, suggesting that the condition of L. xanthopinnis in those waters is stable. Keywords: Genetic variations, Lutjanus xanthopinnis, populated dan phylogenetic