Electronic Theses and Dissertation

Perairan Aceh dikelilingi oleh tiga perairan besar yaitu Laut Andaman, Samudera Hindia dan Selat Malaka. Perbedaan pola arus memperluas rentang sebaran dan ditambah dengan perbedaan letak geografis dari ketiga lokasi ini menyebabkan semakin bervariasinya suatu spesies. Kerapu merupakan ikan yang berekonomis tinggi di seluruh dunia. Salah satu spesies ikan kerapu yang banyak ditemukan di Indonesia adalah Epinephelus coiodes. Meningkatnya permintaaan ikan kerapu di pasaran menyebabkan ikan tersebut rentan akan kepunahan jika tidak dikelola dengan baik, maka dibutuhkan data ilmiah molekuler untuk pengelolaan perikanan. Namun penelitian molekuler masih sangat terbatas di Aceh. Tujuan dalam penelitian ini adalah melihat pola genetika populasi Epinephelus coioides dari perairan Aceh menggunakan gen COI mitokondria sebagai penanda. Penelitian ini dilakukan pada bulan Juni sampai Desember 2021 dan pengambilan sampel di ambil dari tiga populasi yaitu dari populasi Langsa, Banda Aceh dan Tapak Tuan. Metode ekstraksi dilakukan dengan protokol C-TAB yang telah dimodifikasi. Pada penelitian ini sekuens yang dihasilkan sebanyak 35 sekuens. Pada pohon filogenetik populasi Langsa dan Banda Aceh, tergabung dalam satu clade yang sama karena adanya persebaran larva dan perkawinan spesies yang sama pada populasi tersebut, hal ini juga dapat dibuktikan dengan adanya haplotipe yang sama pada populasi tersebut. Nilai keragaman haplotipe (Hd) tertinggi pada populasi Langsa 0,237. Nilai jarak genetik antar populasi sebesar 0,000-0,001 dan dalam populasi sebesar 0,33-0,61. Nilai jarak uji berpasangan (Fst) yaitu sebesar 0,27 yang menunjukkan ketiga populasi ini masih berkerabat dekat. Terdapat 15 haplotipe dari tiga populasi ini namun pada populasi Langsa dan Banda Aceh terdapat haplotipe yang sama. Adanya kesamaan haplotipe ini disebabkan adanya pencampuran larva dan persebaran larva pada populasi Langsa dan Banda Aceh yang terbawa oleh arus perairan. Berdasarkan hasil penelitian ini, maka akan menjadi salah satu dasar pengelolaan berbasis spesies untuk Epinephelus coioides di perairan Aceh.

Aceh waters are surrounded by three large waters, they are Andaman Sea, Indian ocean and Malacca strait. Differences in current patterns widen the range of distribution and differences in the geographical location of these three locations causes the variation of a species. Grouper is a fish that is highly economical in the world. Species of grouper that was found in Indonesia is Epinephelus coiodes. The increasing demand for grouper in the market causes the fish to be vulnerable to extinction if not managed properly, so molecular scientific data is needed for fisheries management. However, molecular research is still very limited in Aceh. The purpose of this study was to examine the genetic pattern of the population of Epinephelus coioides from Aceh waters using the mitochondrial COI gene as a marker. This research was conducted from June to December 2021 and samples were taken from three populations, there are from Langsa, Banda Aceh and Tapak Tuan populations. The DNA extraction method used was the modified C-TAB protocol. In this study, the resulting sequences were 35 sequences. In the phylogenetic tree the populations of Langsa and Banda Aceh belong to the same clade because of the distribution of larvae and mating of the same species in the population, this can also be proven by the presence of the same haplotype in the population. The highest haplotype diversity (Hd) value was in the Langsa population of 0.237. The value of genetic distance between populations is 0.000-0.001 and within the population is 0.33-0.61. Paired test distance value (Fst) is 0.27 which shows that these three populations are still closely related. There are 15 haplotypes from three populations but in Langsa and Banda Aceh populations have the same haplotypes. The similarity of this haplotype is due to the mixing of larvae and the distribution of larvae in Langsa and Banda Aceh populations carried by water currents. Based on the results of this study, it will become one of the basic for species-based management for Epinephelus coioides in Aceh waters.