Electronic Theses and Dissertation

Udang ordo Decapoda merupakan biota laut yang memiliki sumber protein dan harga jual yang tinggi. Penangkapan udang secara terus menerus di wilayah Perairan Pesisir Aceh tanpa adanya data spesies stok udang akan menyebabkan ancaman terhadap stok udang yang terdapat di Perairan Pesisir Aceh. Sulitnya identifikasi udang secara morfologi menjadi salah satu penyebab sulitnya pendataan spesies udang. Tujuan dari penelitian ini ialah mengidentifikasi spesies dan menganalisis kekerabatan dari udang ordo Decapoda di Perairan Pesisir Aceh berdasarkan sekuens gen penanda Cythocrome Oxydase Subunit I (COI) mtDNA (mitokondria) dengan menggunakan teknik DNA Barcoding. Penelitian ini dilakukan pada bulan Juni hingga Desember 2021 dengan pengambilan sampel di Kecamatan seruway, Aceh Tamiang dan Desa Ujong Baroh, Aceh Barat. Metode ekstraksi DNA dengan menggunakan protokol CTAB yang telah dimodifikasi Sepuluh spesies udang dari 28 sekuens telah berhasil diidentifikasi yakni Alcockpenaepsis hungerfordii, Fenneropenaeus indicus, Kishinouyepenaeopsis cornuta, Metapenaeus affinis, Metapenaeus lysianassa, Penaeus semisulcatus, Parapenaeopsis coromandelica, Solenocera crassicornis, dan Penaeus sp. yang terkelompok dalam tujuh genus yang paling mendominasi adalah Penaeus (36%), Metapenaeus (21%), Alcockpenaeopsis, Solenocera, Parapenaeopsis (11%), Fenneropenaeus (7%), Kishinouyepenaeopsis (3%). dan dua family (Penaeidae dan Colenoceridae). Rata-rata jarak genetik udang berdasarkan Kimura-2-Parameter anatar spesimen ialah 8,59% untuk tingkat spesies, 22,02% untuk tingkat genus dan 33,78% untuk tingkat famili. Jarak kekerabatan udang yang dihitung menggunakan Distance Method didapatkan jarak terdekat ialah spesies Metapenaeus affinis dengan spesies Solenocera crassicornis (17,41%) dan jarak terjauh adalah spesies Penaeus monodon dengan spesies Metapenaeus affinis (78,03%). Hasil kontruksi pohon filogenetik menampilkan 3 cabang utama. Melalui hasil adanya penambahan data spesies udang baru yang pertama kali dikaji pada Perairan Pesisir Aceh, dan dari hasil penelitian didapatkan bahwa perlu adanya pengelolaan data yang baik terkait jumlah spesies udang kelompok Decapoda untuk menghindari berkurangnya stok udang dari salah satu spesies udang yang terdapat di wilayah Perairan Pesisir Aceh.

Kata kunci : DNA Barcoding, udang, identifikasi, kekerabatan, spesies, genus, famili

Shrimp Ordo of Decapoda as a marine biota that has a protein source and a high selling price. Continuous fishing without data on shrimp stock types will threaten shrimp stocks in Aceh waters. The difficulty of identifying shrimp morphologically is one of the causes of the difficulty in collecting data on shrimp species . The purpose of this study was to identify species and analyze the kinship of Decapoda shrimp in the Aceh Coastal Waters based on the gene sequences for the Cythocrome Oxydase Subunit I (COI) mtDNA (mitochondrial) markers using DNA barcoding techniques. This research was conducted from June to December 2021 by taking samples in the Seruway District, Aceh Tamiang and Ujong Baroh Village, West Aceh. DNA extraction method using a modified CTAB protocol Ten shrimp species from 28 sequences were identified, there is Alcockpenaepsis Hungerfordii, Fenneropenaeus indicus, Kishinouyepenaeopsis cornuta, Metapenaeus affinis, Metapenaeus lysianassa, Penaeus semisulcatus, Parapenaeopsis coromandelica, Solenocera and Penaeus sp.. Grouped into seven genera, the most dominating are Penaeus (36%), Metapenaeus (21%), Alcockpenaeopsis, Solenocera, Parapenaeopsis (11%), Fenneropenaeus (7%), Kishinouyepenaeopsis (3%). and two families (Penaeidae and Colenoceridae). The average genetic distance of shrimp based on Kimura-2-Parameter between specimens was 8.59% for the species level, 22.02% for the genus level and 33.78% for the family level. Shrimp kinship distance calculated using the Distance Method obtained the closest distance is the species Metapenaeus affinis with the species Solenocera crassicornis (17.41%) and the furthest distance is the species Penaeus monodon with the species Metapenaeus affinis (78.03%). The phylogenetic tree construction show 3 main branches. Through the results of the addition of new shrimp species data which was first studied in the Aceh Coastal Waters, and from the results of the study it was found that it was necessary to have good data management related to the number of shrimp species of the Decapoda group to avoid the reduction of shrimp stock from one of the shrimp species found in the waters, Aceh Coastel. Keywords: DNA barcoding, shrimp, identification, genetic distance, species, genus, family