Electronic Theses and Dissertation

Zingiberaceae merupakan suku yang terbesar jumlahnya di antara delapan suku lainnya dalam ordo Zingiberales yang diperkirakan terdapat 52 marga dengan lebih dari 1500 jenis yang telah diidentifikasi. Suku Zingiberaceae banyak ditemukan tumbuh di hutan tropis, terutama di kawasan Malesiana (Indonesia, Malaysia, Brunei, Singapura, Filipina, dan Papua New Guinea. Hubungan kekerabatan antar jenis suku Zingiberaceae lebih mudah diinterpretasikan dengan menggunakan marka molekuler daripada karakter morfologinya. Penelitian ini bertujuan untuk merekonstruksi dan menganalisis pohon filogenetik suku Zingiberaceae berdasarkan gen single locus (matK, rbcL, dan ITS) dan multilocus (Kombinasi matK, rbcL, dan ITS) untuk menginterpretasikan hubungan kekerabatan, dan evolusinya. Penelitian ini menggunakan data setiap gen dari 25 jenis yang diperoleh dari GenBank. Metode rekonstruksi pohon filogenetik yang digunakan yaitu metode berdasarkan jarak atau distance-based method (Neighbor-Joining) dan berdasarkan karakter atau character-based methods (Maximum Parsimony, Maximum Likelihood). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen matK dan ITS paling baik digunakan untuk analisis kekerabatan antar jenis suku Zingiberaceae, serta pohon filogenetik yang direkonstruksi menggunakan gen multilocus dengan metode Maximum Parsimony lebih dapat menjelaskan hubungan kekerabatan dan evolusinya dibandingkan gen lainnya.

Kata Kunci: Evolusi, filogenetik, ITS, matK, rbcL, Zingiberaceae.

Zingiberaceae is the most family among the eight other families in the order of Zingiberales which is estimated to have 52 genera with more than 1500 species identified. The Zingiberaceae family is commonly found in tropical forests, especially in the Malesiana area (Indonesia, Malaysia, Brunei, Singapore, Philippines, and Papua New Guinea). The kinship relationships between species of the Zingiberaceae family are easier to interpret using molecular markers rather than morphological characters. This study aimed to reconstruct and analyze the phylogenetic tree of the Zingiberaceae family based on a single locus gene (matK, rbcL, and ITS) and multilocus gene (Combination of matK, rbcL, and ITS) to interpret kinship relationships and evolutions. The data for each gene from 25 species were obtained from the GenBank. The methods used to construct the phylogenetic tree were the distance-based method (Neighbor-Joining) and character-based method (Maximum Parsimony, Maximum Likelihood). The result showed that the matK and ITS genes were best for kinship relationships analysis between species in the Zingiberaceae family, though the reconstructed phylogenetic tree using multilocus genes with the Maximum Parsimony method had better explained the evolution of each species. Keywords: Evolution, ITS, matK, rbcL, phylogenetic, Zingiberaceae.