Electronic Theses and Dissertation

Ikan kerapu adalah ikan demersal yang hidup di daerah tropis dan subtropis. Ikan kerapu sebagian besar berasosiasi dengan terumbu karang. Ikan kerapu memiliki harga pasar yang tinggi. Penangkapan ikan kerapu yang berlebihan dapat menjadi ancaman yang serius bagi keragaman hayati ikan kerapu di alam. Pengetahuan identifikasi sumberdaya ikan secara tepat sangat penting untuk pengelolaan perikanan yang berkelanjutan. Penelitian ini menggunakan DNA barcoding untuk menghasilkan referensi komprehensif pustaka sekuens COI, menganalisis keragaman filogenetik dan hubungan kekerabatan untuk spesies kerapu yang didaratkan di Simeulue dan Kepulauan Banyak, Provinsi Aceh. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April - September 2021 di enam belas lokasi pendaratan ikan di Simeulue dan Kepulauan Banyak. Metode ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan protokol CTAB yang telah dimodifikasi. Dalam penelitian ini dihasilkan sebanyak 70 sekuens COI yang terdiri dari 20 spesies ikan kerapu. Genus ikan kerapu yang paling dominan ditemukan dilokasi penelitian adalah Epinephelus (54%), diikuti oleh Cephalophlis (19%), Plectropomus (13%), Variola (12%), Hyporthodus (1%) dan Anyperodon (1%). Tujuh belas spesies (85%) dikategorikan sebagai Least Concern, dua spesies (10%) diketagorikan Vulnerable, dan satu spesies (5%) Data Deficient berdasarkan ketagori IUCN. Rata-rata jarak genetik ikan kerapu berdasarkan Kimura-2-Parameter antar spesimen adalah 0,51% pada tingkat spesies dan 8,34% dalam genus. Jarak kekerabatan rata-rata pada penelitian ini yaitu 10,94% yang mana lebih tinggi sebanyak 22 kali lipat dari jarak intra-spesies rata-rata yaitu 0,51%. Secara umum, hasil penelitian ini telah memberikan kontribusi dalam penyediaan data genetik ikan kerapu komersial penting dari Perairan Simeulue dan Kepulauan Banyak.

Grouper is a demersal fish that lives in the tropics and subtropics. Groupers are mostly associated with coral reefs. Grouper has a high market price. Overfishing of grouper can pose a serious threat to grouper biodiversity in the wild. Knowledge of proper identification of fish resources is very important for sustainable fisheries management. This study uses DNA barcoding to generate a comprehensive reference COI sequence library, analyze phylogenetic diversity and kinship for grouper species landed in Simeulue and Banyak Islands, Aceh Province. This research was conducted in April - September 2021 at sixteen fish landing sites in Simeulue and Banyak Islands. The DNA extraction method used was the modified CTAB protocol. In this study, 70 COI sequences consisting of 20 species of grouper were produced. The most dominant grouper genus found at the study site was Epinephelus (54%), followed by Cephalophlis (19%), Plectropomus (13%), Variola (12%), Hyporthodus (1%) and Anyperodon (1%). Seventeen species (85%) were categorized as Least Concern, two species (10%) were categorized as Vulnerable, and one species (5%) was Data Deficient under the IUCN category. The average genetic distance of grouper based on Kimura-2-Parameter between specimens was 0.51% at the species level and 8.34% at the genus level. The average kinship distance in this study was 10.94% which was 22 times higher than the average intra-species distance of 0.51%. In general, the results of this study have contributed to the provision of commercially important grouper genetic data from the Simeulue and Banyak Islands waters.