Electronic Theses and Dissertation

Upaya pencapaian program swasembada daging gencar dilakukan menjadi alasan utama dalam upaya peningkatan produktivitas dan jumlah populasi sapi lokal. Oleh karena itu, peningkatan reproduktivitas sapi perlu dilakukan sehingga menilai kualitas penjantan menjadi salah satu hal yang penting. Kualitas semen yang dihasilkan sapi jantan sangat berperan dalam keberhasilan perkawinan baik melalui perkawinan alami maupun inseminasi buatan (IB). Namun Ferraz et al. (2013) berpendapat bahwa penilaian fenotip tubuh dan kualitas semen (secara makroskopik dan mikroskopik) tidak bisa dijadikan prediksi mutlak dari tingkat reproduktivitas maupun fertilitas pejantan dikarenakan kualitas materi genetik pada spermatozoa tidak dapat ditentukan dari penilaian tersebut. Dampak fatal dari kerusakan materi genetik pada spermatozoa dapat menginduksi apoptosis pada tahap pembelahan zigot bahkan menyebabkan kegagalan perkembangan embrio. Berdasarkan penelitian Saguma et al. (2005), tingkat ekspresi gen protamine yang rendah berhubungan dengan kerusakan DNA spermatozoa pada tikus. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan dengan tujuan mengidentifikasi gen protamine 3 (prm3) yang diekstraksi dari organ cauda epididymis sapi aceh. Identifikasi gen yang dilakukan meliputi tahapan amplifikasi gen, analisis asam amino, dan analisis filogenetik.
Jumlah sampel penelitian ini adalah 10 ekor sapi jantan yang berasal dari Rumah Potong Hewan (RPH) Kota Banda Aceh. Ekstraksi dan amplifikasi DNA dari jaringan cauda epididymis telah berhasil dilakukan dengan metode ektraksi DNA jaringan dan metode polymerase chain reaction (PCR) konvensional. Pita DNA gen prm3 dari sapi aceh yang didapatkan dari hasil amplifikasi berukuran 250 pb. Hasil analisis asam amino menunjukkan gen prm3 paling banyak mengkodekan asam amino glisin (29,07 ± 0,37), diikuti oleh Arginin (18,6), Alanin (13,95), Leusin (10,47), Asam Glutamat (6,78), Prolin (5,81), Asam Aspartat (3,49 ± 0,6), Valin (3,49), Glutamin (2,33), Serin (2,33 ± 0,37), Sistein (1,16), Fenilalanin (1,16), Treonina (1,16), dan Asparagin (0,46 ± 0,6). Hasil uji One sample T-test dilakukan untuk membandingkan persentase Aspartat, Asparagin, dan Serin sampel terhadap Bos taurus dan Bos indicus yang menunjukkan hasil tidak berbeda nyata (P>0.05). Konstruksi pohon filogenetik yang telah dilakukan menunjukkan bahwa gen prm3 pada 10 sampel sapi aceh memiliki tingkat homologi yang tinggi (98-99%) dengan Bos taurus dan Bos indicus yang dibandingkan dengan database dari GenBank.

Kata Kunci: Cauda epididymis, gen prm3, sapi aceh.

Tidak Tersedia Deskripsi