Electronic Theses and Dissertation

ABSTRAK

Lipase PLS 80 adalah lipase termo-halofilik yang telah diisolasi dari kawasan sumber air panas bawah laut Pria Laot Sabang, Pulau Weh, Indonesia. Lipase PLS 80 diketahui memiliki aktivitas optimum pada suhu 70 °C. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi struktur tiga dimensi protein PLS 80 dan mempelajari kestabilan konformasi struktur PLS 80 pada suhu lingkungan yang berbeda secara komputasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa prediksi struktur protein PLS 80 dengan metode homologi menggunakan program SWISS-MODEL menghasilkan model struktur tiga dimensi protein PLS80-2DSN.pdb dengan nilai sequence identity sebesar 97.65. Template protein yang digunakan adalah 2DSN (PDB id). Simulasi dinamika molekul dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) pada suhu 300 K, 350 K, 400 K, 450 K, dan 500 K selama 50 ns. Parameter yang digunakan untuk mempelajari kestabilan struktur PLS 80 adalah dengan melihat nilai RMSD (Root Mean Square Deviation), SASA (Solvent Accessible Surface Area), RMSF (Root Mean Square Fluctuation), Jari-jari Girasi, Energi Total, dan Ikatan Hidrogen. Berdasarkan hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa struktur PLS 80 mulai mengalami proses unfolding pada suhu 400 K hingga 500 K, dan struktur ?-helix dan ?-sheet hampir rusak seluruhnya pada suhu 500 K.

Kata kunci: PLS 80, metode homologi, swiss-model, simulasi dinamika molekul, stabilitas protein.

ABSTRACT

Lipase PLS 80 is a thermo-halophilic lipase that has been isolated from underwater hot spring in Pria Laot Sabang, Weh Island, Indonesia. Lipase PLS 80 has an optimum activity at temperature 70 °C. This research aims to predict the three-dimensional structure of protein PLS 80 and to learn conformational stability structure of protein PLS 80 by temperature variance via computational approach. The result showed that structure prediction of protein PLS 80 using SWISS-MODEL as homology method have three-dimensional structure of protein PLS80-2DSN.pdb with sequence identity value 97.65. This study used the 2DSN (PDB id) as a template. Molecular dynamics simulations were performed using AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) software at a temperature of 300 K, 350 K, 400 K, 450 K, and 500 K for 50 ns. The parameters used to study the stability of PLS 80 is to see the value of RMSD (Root Mean Square Deviation), SASA (Solvent Accessible Surface Area), RMSF (Root Mean Square Fluctuation), Radius of Gyration, Total Energy, and Hydrogen Bond. The results have shown that the structure of PLS 80 begin the unfolding process at temperature 400 K to 500 K, the structure of ?-helix and ?-sheet is collapsing at 500 K.

Keywords: PLS 80, homology method, swiss-model, molecular dynamics

Tidak Tersedia Deskripsi