Electronic Theses and Dissertation

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengamplifikasi gen DNA Pol I dari bakteri termo-halofilik Pria Laot Sabang (PLS) A dengan teknik gene walking. Amplifikasi dilakukan dengan metode PCR menggunakan enam pasang primer, yaitu FP4-RP4, FP4-RP5, FPK-RPB, FP3-RP2, FP5-RP1 dan FP1-RP4. Dari semua primer, hanya empat pasang primer yang menghasilkan amplikon, yaitu FP4-RP5, FPK-RPB, FP3-RP2 dan FP5-RP1 dengan suhu annealing masing-masing 67,5, 62,9, 60,5 dan 68,2°C. Ukuran gen ketika diamplifikasi menggunakan FP4-RP5 dan FPK-RPB primer adalah 1216 bp (fragmen forward), sedangkan ketika menggunakan FP3-RP2, FP5-RP1 dan FPK-RPB primer adalah 1192 bp (fragmen reverse). Fragmen gabungan menghasilkan gen berukuran 2408 bp, yang sekitar 300 bp lebih kecil dari gen DNA Pol I utuh. Analisis homologi dari fragmen forward menunjukkan bahwa PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Bacillus caldolyticus strain NEB414 (kemiripan 99%). Ketika fragmen reverse digunakan, PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Geobacillus thermoleovorans CCB_US3_UF5 (kemiripan 97%). Ketika fragmen gabungan digunakan, PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Bacillus caldolyticus strain NEB414 (87% kesamaan). Analisis pohon filogenetik menggunakan fragmen forward menunjukkan bahwa PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Bacillus caldolyticus strain NEB414. Bila menggunakan fragmen reverse dan kombinasi kedua fragmen, PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Bacillus caldolyticus strain XM. Prediksi struktural menggunakan Swiss Model menunjukkan bahwa DNA Pol I yang diterjemahkan dari fragmen forward adalah bagian dari domain eksonuklease 5' ke 3' dan memiliki kesamaan struktural dengan Thermus aquaticus. DNA Pol I yang diterjemahkan dari fragmen reverse adalah bagian dari domain polimerase dan memiliki kemiripan struktural dengan Geobacillus stearothermophilus. Amplifikasi lengkap gen utuh DNA Pol I masih diperlukan agar struktur protein dapat diterjemahkan sepenuhnya.

Tidak Tersedia Deskripsi