Electronic Theses and Dissertation

ABSTRAK
Balakacida (Chromolaena odorata) merupakan tanaman yang secara empiris digunkan sebagai obat luka dan tumbuhan ini memiliki khasiat sebagai antimikroba. Bakteri endofit terdapat di dalam semua jaringan tanaman tingkat tinggi dan berkoevolusi dengan tanaman inangnya, sehingga khasiat bakteri endofit sama dengan tanaman inangnya. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi bakteri endofit tanaman balakacida asal Banda Aceh berdasarkan identifikasi molekuler gen 16S rRNA. Sampel yang digunakan adalah adalah isolat bakteri endofit terpilih dengan kode isolat (BEB-4 dan BEB-5) asal tanaman balakacida Banda Aceh yang telah tumbuh secara baik pada media NB (Nutrien Broth). Rancangan penilitian dilakukan identifikasi bakteri endofit melalui beberapa tahapan yaitu isolasi DNA menggunakan Presto ™ Mini gDNA Bacteria Kit (Geneaid), Amplifikasi DNA dengan metode Polimerase Chain Reaction (PCR), elektroforesis produk PCR, sekuensing dan analisis bioinformatika dan konstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 10.0. Hasil penelitian identifikasi bakteri endofit asal tanamaan balakacida dapat terisolasinya dan teramplifikasi dengan primer 63f dan 1387r dengan ukuran fragmen DNA sekitar ~ 1300pb. Isolat BEB-4 dan BEB-5 memiliki homologi dengan Stenotrophomonas sp. strain H9 sebesar 99,84% dan 99,76% berdasarkan database GenBank. Hasil analisis konstuksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa kedua isolat tersebut berkerabat dekat dengan genus Stenotrophomonas dan berada dalam satu kluster.
ABSTRACT
Balakacida (Chromolaena odorata) is a plant that is empirically used as a wound medicine and this plant has antimicrobial properties. Endophytic bacteria are present in all high-level plant tissues and evolve with host plants, so that the efficacy of endophytic bacteria is the same as that of the host plant. The purpose of this study was to identify endophytic bacteria from Balakacida plants from Banda Aceh based on molecular identification of 16S rRNA genes. The samples used were selected endophytic bacterial isolates with isolat code (BEB-4 and BEB-5) from the Banda Aceh Balakacida plant that had been grown properly on NB (Nutrient Broth) media. The research design was carried out identification of endophytic bacteria through several stages, namely DNA isolation using Presto ™ Mini gDNA Bacteria Kit (Geneaid), DNA Amplification by Polymerase Chain Reaction (PCR) method, PCR product electrophoresis, sequencing and analysis of bioinformatics and construction of phylogenetic trees using MEGA 10.0 software. . The results of the identification of endophytic bacteria from balakacida can be isolated and amplified with primers 63f and 1387r with DNA fragment sizes around ~ 1300pb. BEB-4 and BEB-5 isolates have homology with Stenotrophomonas sp. strain H9 of 99.84% and 99.76% based on the GenBank database. Phylogenetic tree construction results showed that the two isolates were closely related to the genus Stenotrophomonas and
were in on cluster.

Keywords: Balacacida, Endophytic bacteria, 16S rRNA gene.

Tidak Tersedia Deskripsi