Electronic Theses and Dissertation

ABSTRAK
Hilangnya ekspresi gen PTEN berpengaruh nyata terhadap parameter klinis perkembangan kanker payudara. Metilasi pada promotor PTEN merupakan regulasi epigenetik yang paling sering menyebabkan hilangnya ekspresi gen ini. Metode diagnostik yang paling efektif dan mudah dalam mendeteksi status metilasi gen PTEN adalah MSP (Methylation Specific PCR). Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan melakukan kloning promotor gen PTEN Metilasi (M) dan Unmetilasi (U) sebagai bagian pengembangan deteksinya berbasis MSP dan kontrol positif deteksi. Proses isolasi dan kloning promotor gen PTEN terdiri dari tahapan amplifikasi, purifikasi, ligasi, transformasi dan konfirmasi plasmid rekombinan pGEMT- PTEN menggunakan seleksi biru-putih dan PCR koloni. Konfirmasi melalui seleksi biru-putih menunjukkan bahwa koloni putih resisten terhadap Ampisilin dan beberapa diantaranya memiliki DNA target saat dikonfirmasi menggunakan PCR koloni. Hasil penelitian menunjukkan bahwa plasmid rekombinan pGEM T- PTEN Metilasi (M) dan Unmetilasi (U) telah berhasil dilakukan dan dikonfirmasi memiliki ukuran pita DNA sebesar 206 bp untuk status PTEN Metilasi (M) dan 162 bp untuk status PTEN Unmetilasi (U). Penggunaan plasmid rekombinan sebagai kontrol positif deteksi menguntungkan karena dapat diproduksi dalam kuantitas besar walaupun dalam kondisi sampel yang terbatas.
Kata Kunci : Metilasi PTEN, Kanker payudara, MSP, Plasmid rekombinan
ABSTRACT
Loss of PTEN expression is significantly associated with clinical parameters in the development of breast cancer. Methylation of PTEN promoter was considered to be the most common epigenetic alteration causing the loss of this gene expression. The most effective and simplest diagnostic method used for detecting methylation status of PTEN gene is MSP (Methylation Specific PCR). This study aims to isolate and clone the promotor genes of PTEN Methylation (M) and Unmethylation (U) as the development of its positive control and MSP-based detection system. Isolation and cloning of PTEN promoter gene requires several steps, consist of amplification, purification, ligation, transformation and confirmation of pGEMT- PTEN recombinant plasmid using blue-white screening and colony PCR. Confirmation using blue-white screening showed that all white colonies are resistance to Amphycilin and some of them confirmed by colony PCR, have targeted DNA. The results of this study showed that pGEM T- PTEN Methylation (M) and Unmethylation (U) recombinant plasmid was successfully constructed and confirmed to have DNA bands with size of 206 bp for Methylation (M) and 162 bp for Unmethylation (U). Using recombinant plasmid as positive control in detection system is advantageous because it could be produced in large quantities, even with limited number of samples.
Keywords : PTEN methylation, Breast cancer, MSP, Recombinant plasmid

Tidak Tersedia Deskripsi