Electronic Theses and Dissertation

Kenanga (Cananga odorata (Lam.) Hook. f. & Thomson) merupakan tumbuhan
aromatik famili Annonaceae yang secara taksonomi terbagi menjadi dua varietas: var.
nana dan var. fruticosa, dengan var. nana terbagi lagi menjadi dua forma: f.
macrophylla dan f. genuina. Kedua forma memiliki kemiripan morfologi tinggi
sehingga sulit dibedakan visual, sementara data molekuler kenanga dari Aceh masih
sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi secara molekuler C. odorata
menggunakan DNA barcoding berbasis gen maturase K (matK). Sampel daun diambil
dari tiga individu di Banda Aceh (KJ 1, KJ 2, KJ 3). Ekstraksi DNA dilakukan dengan
metode CTAB, diikuti uji kemurnian menggunakan nanophotometer. Gen matK
diamplifikasi dengan PCR dan divisualisasikan melalui elektroforesis gel agarosa 1%.
Produk amplifikasi disekuens dengan metode Sanger, diedit dan disejajarkan
menggunakan BioEdit, lalu pohon filogenetik dikonstruksi dengan metode Maximum
Parsimony (MP) menggunakan MEGA11. Hasil amplifikasi menunjukkan pita DNA
tunggal berukuran ±850 bp pada ketiga sampel. Analisis BLAST menghasilkan
kemiripan tertinggi dengan C. odorata pada tingkat spesies, namun tidak dapat
mengonfirmasi identitas hingga tingkat varietas dan forma. Pohon filogenetik
menunjukkan ketiga sampel membentuk satu clade monofiletik bersama lima sekuens
C. odorata dari GenBank asal Korea, China, Prancis, Jerman, dan Amerika Serikat,
dengan nilai bootstrap kuat (83-96%). Berdasarkan asal geografis sekuens referensi,
diduga kelima sekuen hasil BLAST merupakan f. genuina (ylang-ylang), bukan f.
macrophylla (kenanga jawa), meski konfirmasi definitif memerlukan marka beresolusi
lebih tinggi. Gen matK mampu membedakan antar spesies dalam famili Annonaceae,
namun belum informatif membedakan antar varietas atau forma dalam spesies yang
sama.

Kenanga (Cananga odorata (Lam.) HooK. f. & Thomson) is an aromatic plant of the family Annonaceae divided into two varieties: var. nana and var. fruticosa, with var. nana further divided into f. macrophylla and f. genuina. Both formae show high morphological similarity, maKing visual differentiation difficult, while molecular data on Kenanga from Aceh remain limited. This study aimed to identify C. odorata molecularly using DNA barcoding based on the maturase K (matK) gene. Samples were collected from three individuals in Banda Aceh (KJ 1, KJ 2, KJ 3). DNA was extracted by CTAB with purity tested by nanophotometer. The matK gene was amplified by PCR and run on 1% agarose gel. Products were sequenced by Sanger, aligned in BioEdit, and a phylogenetic tree built using Maximum Parsimony in MEGA11. A single band of ±850 bp was found in all samples. BLAST showed the highest similarity to C. odorata at the species level but could not confirm identity to the variety or forma level. The phylogenetic tree showed all three samples forming a monophyletic clade with five C. odorata sequences from GenBank from Korea, China, France, Germany, and the United States, supported by strong bootstrap values (83-96%). Based on the geographic origin of the reference sequences, the five BLAST sequences are presumed to be f. genuina (ylang-ylang), not f. macrophylla (Java cananga), though definitive confirmation requires high-resolution markers. The matK gene distinguished between species within Annonaceae but was not informative enough to differentiate between varieties or formae within the same species.