M Daud AK Primary Author mixed material bibliography Banda Aceh Fakultas Pasca Sarjana (S3) 2026

Dissertation

Penyakit mulut dan kuku (PMK) merupakan penyakit hewan menular lintas batas (transboundary animal disease) yang sangat infeksius dan menjadi ancaman serius bagi industri peternakan global maupun regional. Kemajuan suatu negara sangat ditentukan oleh status bebas dan tidaknya negara tersebut dari virus PMK sehingga Organisasi Kesehatan Dunia (WOAH) menetapkan PMK sebagai notifiable disease kategori List A, sementara Pemerintah Indonesia menetapkannya sebagai Penyakit Hewan Menular Strategis (PHMS) melalui PP No. 47 Tahun 2014 dan Keputusan Menteri Pertanian No. 121/KPTS/PK.320/M/03/2023. Sebagai bentuk tanggap darurat, Pemerintah Aceh membentuk gugus tugas melalui Keputusan Gubernur Aceh No. 524/972/2022 untuk menangani dan mengendalikan wabah PMK. Penyakit ini disebabkan oleh virus PMK dari genus Aphtovirus, famili Picornaviridae, yang terdiri atas tujuh serotipe antigenik utama: O, A, C, SAT1, SAT2, SAT3, dan Asia 1. Keragaman sifat antigenesitas virus yang sering berubah dan berbeda dalam satu serotipe menjadikan upaya pengendalian berbasis vaksinasi menjadi tidak efektif dan sulit untuk dicapai. Pada tahun 2022, Provinsi Aceh mengalami wabah PMK yang menyebar cepat dan menimbulkan kerugian ekonomi yang signifikan bagi sektor peternakan. Wabah tersebut memicu kebutuhan mendesak akan pemetaan wabah secara spasial-temporal, deteksi cepat kasus di lapangan, serta identifikasi karakteristik molekuler virus yang beredar guna mendukung strategi vaksinasi dan pengendalian yang lebih presisi. Penelitian ini secara umum bertujuan untuk memahami dinamika penyebaran PMK di Aceh melalui pendekatan integratif yang mencakup pemetaan geospasial-temporal kasus, evaluasi performa uji diagnostik cepat (Rapid Test), serta deteksi molekuler dan analisis filogenetik Foot-and-Mouth Disease Virus (FMDV) isolat lokal. Metode yang digunakan mencakup pemanfaatan Sistem Informasi Geografis (SIG) untuk memetakan distribusi dan klaster spasial kasus PMK, uji diagnostik cepat berbasis imunokromatografi untuk mendeteksi antigen virus di lapangan, serta uji serologis ELISA Non-Struktural Protein (NSP) dan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) untuk konfirmasi virologis dan karakterisasi genetik virus. Berdasarkan hasil pemetaan geospasial, jumlah kasus tertinggi di Aceh terjadi pada bulan Juli, diikuti Juni, Mei, Agustus, September, Oktober, dan Desember pada tahun 2022, dengan kasus tertinggi dilaporkan terjadi di Kabupaten Aceh Besar sebanyak 2.333 kasus. Evaluasi terhadap uji diagnostik cepat menunjukkan keterbatasan sensitivitas dalam mendeteksi infeksi PMK pada fase awal klinis, yang menandai pentingnya penggunaan metode molekuler konfirmatif. Sampel dari sapi yang menunjukkan gejala klinis dikoleksi dan diuji lebih lanjut untuk deteksi serotipe dan karakterisasi molekuler. Hasil uji serologis ELISA NSP menunjukkan satu sampel positif dan lima sampel positif lemah (weak-positive). Tujuh dari sepuluh sampel klinis juga terdeteksi positif menggunakan RT-PCR. Tiga isolat positif kemudian diamplifikasi kembali menggunakan RT-PCR dengan kondisi optimasi suhu annealing, dan fragmen gen VP1 berhasil diperoleh dengan primer OIC272F dan EUR-2B52R pada suhu 56°C. Satu isolat (O/AcehBesar/01A/2024) disekuensing dan dianalisis secara filogenetik. Analisis menggunakan metode Neighbor-Joining menunjukkan bahwa isolat tersebut termasuk dalam topotipe Middle East–South Asia (ME-SA), garis keturunan Ind-2001e. Isolat Aceh menunjukkan identitas nukleotida sebesar 96% dan dukungan bootstrap 100% terhadap dua strain isolat yang berasal dari wabah PMK tahun 2022 di Indonesia, yaitu O/ISA/1/2022 dan O/VSN/LPG002/2022. Isolat Aceh juga memiliki kedekatan filogenetik dengan strain dari Pakistan, India, Iran, Tunisia, Libya, Saudi Arabia, dan Nepal, yang menunjukkan pola transmisi regional dan lintas batas. Hasil ini mengkonfirmasi sirkulasi sub-galur Ind-2001e masih dan sedang berlangsung di Indonesia serta menggarisbawahi perlunya vaksin spesifik untuk setiap wilayah. Penelitian ini memberikan kontribusi data epidemiologi molekuler yang sangat berharga, mendukung pengembangan vaksin presisi dan memandu strategi pengendalian PMK di Indonesia dan Asia Tenggara. Selanjutnya, kemiripan genetik antara isolat Aceh ini menunjukkan adanya potensi sirkulasi lintas wilayah yang perlu diwaspadai. Oleh karena itu, langkah-langkah pengendalian dengan mempertimbangkan dinamika genetik virus yang beredar di tingkat lokal maupun regional dan kerangka kerja pemantauan yang komprehensif sangatlah diperlukan. 0 ELECTRONIC THESES AND DISSERTATION Universitas Syiah Kuala 1711413 2026-01-29 15:17:24 2026-01-29 15:25:30 machine generated