Electronic Theses and Dissertation

Perairan Aceh dikenal memiliki keanekaragaman hayati laut yang tinggi dan berpotensi besar dalam bidang perikanan, khususnya untuk komoditas ikan kakap (famili Lutjanidae) yang bernilai ekonomi tinggi, baik untuk konsumsi lokal maupun ekspor. Namun, ketersediaan data ilmiah mengenai aspek bioekologi dan genetika beberapa spesies kakap di wilayah ini masih terbatas, padahal informasi tersebut sangat penting untuk mendukung pengelolaan perikanan yang berkelanjutan. Terlebih, tingginya tekanan penangkapan, bahkan pada individu yang belum sempat memijah, mengancam kelestarian stok di alam. Informasi penting seperti biologi reproduksi, kebiasaan makan, hubungan panjang-berat, aspek genetik, dan infeksi parasit sangat dibutuhkan sebagai dasar pengembangan teknologi pembenihan, pakan buatan, serta program budidaya laut.
Penelitian ini dilaksanakan selama periode Januari 2022 hingga Desember 2024. Analisis data genetik ikan dilakukan menggunakan perangkat lunak MEGA X, dengan metode Maximum Likelihood (ML) berdasarkan model Kimura 2- parameter untuk menghitung divergensi nukleotida. Hubungan genetik antar haplotipe dianalisis melalui pohon filogenetik menggunakan metode ML, dengan tingkat kepercayaan hasil analisis dievaluasi melalui prosedur bootstrap sebanyak 1000 kali replikasi.Hubungan panjang-berat serta faktor kondisi ikan dianalisis menggunakan pendekatan Linear Allometric Model (LAM). Sementara itu, dinamika populasi dianalisis menggunakan perangkat lunak FISAT II (FAO- ICLARM Stock Assessment Tools-II). Aspek kebiasaan makan dianalisis berdasarkan frekuensi kejadian, indeks kepenuhan lambung, panjang saluran pencernaan, serta panjang relatif saluran pencernaan. Untuk aspek biologi reproduksi, data yang dianalisis meliputi tingkat kematangan gonad (TKG), indeks kematangan gonad (GSI), rasio jenis kelamin, ukuran pertama kali matang gonad, serta fekunditas. Selain itu, pengamatan terhadap ektoparasit dilakukan untuk mengevaluasi prevalensi dan intensitas infeksi parasit pada ikan kakap.
Penelitian ini mengidentifikasi 16 spesies ikan dari famili Lutjanidae berdasarkan analisis DNA barcoding, yaitu: Lutjanus kasmira, L. bengalensis, L. rufolineatus, L. fulvus, L. argentimaculatus, L. lutjanus, L. xanthopinnis, L. lunulatus, L. decussatus, L. russellii, L. fulviflamma, L. johnii, L. gibbus, serta spesies luar genus seperti Pinjalo lewisi, Aphareus rutilans, dan Aprion virescens. Fokus utama penelitian diarahkan pada Lutjanus bengalensis dan Lutjanus lutjanus karena kedua spesies ini paling dominan tertangkap di perairan Aceh. Hasil analisis hubungan panjang-berat menunjukkan bahwa nilai b pada L. bengalensis berkisar antara 0,63–2,59 (rerata 1,90), sedangkan L. lutjanus memiliki rerata b sebesar 1,694, yang menandakan pola pertumbuhan alometrik negatif. Faktor kondisi Fulton memperlihatkan rerata 3,29 (L. bengalensis) dan 3,23 (L. lutjanus), menunjukkan lingkungan masih mendukung pertumbuhan kedua spesies, meskipun keduanya telah menunjukkan indikasi eksploitasi berlebih (overfishing). Analisis kebiasaan makan mengindikasikan bahwa kedua spesies bersifat karnivora. L. bengalensis lebih banyak mengonsumsi kepiting sepanjang tahun, sedangkan L. lutjanus cenderung memilih kerang-kerangan namun meningkatkan konsumsi kepiting pada musim kemarau. Panjang saluran pencernaan yang lebih pendek dari panjang tubuh mendukung karakteristik karnivora, dan tidak ditemukan perubahan pola makan musiman yang signifikan. Analisis diet overlap menunjukkan tumpang tindih makanan yang tinggi antara kedua spesies. Dalam aspek parasitologi, hanya ditemukan satu jenis parasit yaitu Anisakis sp. yang menginfeksi organ rongga perut, gonad, hati, dan otot, dengan organ gonad dan rongga perut sebagai lokasi infeksi utama. Pola infeksi fluktuatif sepanjang tahun, dengan prevalensi tertinggi pada L. bengalensis di bulan Januari dan pada L. lutjanus di bulan Juni. Intensitas infeksi tergolong rendah.
Pada aspek biologi reproduksi, L. bengalensis menunjukkan rasio kelamin 1:3 (jantan:betina) dan L. lutjanus 1:0,8, menandakan dominasi betina pada keduanya. Puncak musim pemijahan L. bengalensis terjadi pada Januari, dengan musim aktif Oktober–Januari. Sementara L. lutjanus mengalami dua puncak pemijahan, yaitu Januari–Maret dan Juli, dengan puncak tertinggi pada Juli. Ukuran pertama kali matang gonad betina terjadi lebih awal dibandingkan jantan, yaitu 15,46 cm pada L. bengalensis dan 18,36 cm pada L. lutjanus. Fekunditas total meningkat seiring panjang tubuh dengan rata-rata 17.990 butir telur (L. bengalensis) dan 16.427 butir telur (L. lutjanus). Penelitian ini menegaskan pentingnya pengelolaan spesies kakap secara berkelanjutan berdasarkan pendekatan bioekologi dan genetika untuk konservasi sumber daya laut di Aceh.

The waters of Aceh are known for their high marine biodiversity and hold great potential in fisheries, particularly for snapper (family Lutjanidae), which has significant economic value for both local consumption and export. However, scientific data on the bioecology and genetics of several snapper species in this region remain limited, even though such information is crucial for supporting sustainable fisheries management. Furthermore, high fishing pressure, including on individuals that have not yet spawned, threatens the sustainability of wild stocks. Essential information such as reproductive biology, feeding habits, length–weight relationships, genetic aspects, and parasitic infections is urgently needed as the basis for the development of hatchery technology, artificial feed, and marine aquaculture programs. This research was conducted from January 2022 to December 2024. Genetic data analysis was performed using MEGA X software, employing the Maximum Likelihood (ML) method based on the Kimura 2-parameter model to calculate nucleotide divergence. Genetic relationships among haplotypes were analysed through phylogenetic trees using the ML method, with the confidence of the results evaluated via a bootstrap procedure with 1,000 replications. Length–weight relationships and condition factors were analysed using the Linear Allometric Model (LAM). Population dynamics were assessed using FISAT II (FAO- ICLARM Stock Assessment Tools-II). Feeding habits were analysed based on frequency of occurrence, stomach fullness index, gut length, and relative gut length. Reproductive biology analysis included gonadal maturity stages (GMS), gonadosomatic index (GSI), sex ratio, size at first maturity, and fecundity. In addition, ectoparasite observations were conducted to evaluate the prevalence and intensity of parasitic infections in snapper. A total of 15 snapper species from the Lutjanidae family were identified through DNA barcoding analysis: Lutjanus kasmira, L. bengalensis, L. rufolineatus, L. fulvus, L. argentimaculatus, L. lutjanus, L. lunulatus, L. decussatus, L. russellii, L. fulviflamma, L. johnii, L. gibbus, as well as non-Lutjanus species such as Pinjalo lewisi, Aphareus rutilans, and Aprion virescens. The research focused on Lutjanus bengalensis and Lutjanus lutjanus as they were the most dominant species caught in Aceh waters. The length–weight relationship analysis showed that the b-values for L. bengalensis ranged between 0.63 and 2.59 (average 1.90), while L. lutjanus had an average b-value of 1.694, indicating a negative allometric growth pattern. Fulton’s condition factor averaged 3.29 for L. bengalensis and 3.23 for L. lutjanus, suggesting that the environment still supports the growth of both species, although signs of overfishing were observed. Feeding habit analysis indicated that both species are carnivorous. L. bengalensis predominantly consumed crabs throughout the year, while L. lutjanus mainly preferred shellfish but increased crab consumption during the dry season. Their gut lengths, which were shorter relative to body length, confirmed their carnivorous nature, with no significant seasonal variation in feeding patterns. Diet overlap analysis showed a high degree of food overlap between the two species. In terms of parasitology, only one parasite species, Anisakis sp., was found infecting the abdominal cavity, gonads, liver, and muscles, with the gonads and abdominal cavity being the primary infection sites. Infection patterns fluctuated throughout the year, with the highest prevalence in L. bengalensis in January and in L. lutjanus in June, while infection intensity was low. Regarding reproductive biology, L. bengalensis had a sex ratio of 1:3 (male:female) and L. lutjanus had 1:0.8, indicating female dominance in both species. The spawning peak for L. bengalensis occurred in January, with an active spawning season from October to January. L. lutjanus had two spawning peaks, in January–March and July, with the highest peak in July. The size at first gonadal maturity was earlier for females compared to males, at 15.46 cm for L. bengalensis and 18.36 cm for L. lutjanus. Total fecundity increased with body length, averaging 17,990 eggs for L. bengalensis and 16,427 eggs for L. lutjanus. This study highlights the importance of sustainable management of snapper species based on bioecological and genetic approaches to conserve marine resources in Aceh.