Electronic Theses and Dissertation

Penyu hijau (Chelonia mydas) merupakan salah satu spesies penyu yang paling umum
ditemukan pada perairan tropis dan subtropis, serta termasuk dalam kategori satwa yang dilindungi
karena mengalami ancaman kepunahan akibat eksploitasi dan kerusakan habitat. Pulau Salaut Besar
di Kabupaten Simeulue merupakan salah satu lokasi pendaratan penyu hijau, namun informasi
genetik mengenai asal usul dan hubungan kekerabatan penyu di wilayah ini belum tersedia.
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies penyu hijau asal Pulau Salaut Besar serta
mengetahui hubungan kekerabatannya dengan populasi penyu dari wilayah lain berdasarkan analisis
DNA mitokondria. Penelitian dilakukan secara deskriptif kualitatif dengan menggunakan lima
sampel jaringan penyu hijau yang dikumpulkan dari Pulau Salaut Besar. Ekstraksi DNA dilakukan
menggunakan metode 2x CTAB, diikuti dengan amplifikasi gen sitokrom-b DNA mitokondria
menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer LCM-15382 dan H950g.
Produk PCR divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel agarosa 2%, kemudian dilakukan
sekuensing DNA. Hasil sekuensing dianalisis dengan perangkat BLAST untuk identifikasi spesies
dan disusun pohon filogenetik menggunakan perangkat lunak MEGA 11.0 dengan metode
Neighbor-Joining dan 1000 ulangan bootstrap. Hasil menunjukkan bahwa semua sampel berhasil
diamplifikasi dan memiliki panjang fragmen sekitar 800 bp. Analisis BLAST menunjukkan bahwa
sampel memiliki kemiripan tinggi (99,43%–100%) dengan spesies Chelonia mydas yang berasal
dari Bali, Malaysia, dan China. Pohon filogenetik memperlihatkan kedekatan kekerabatan yang kuat
antara populasi Pulau Salaut Besar dengan populasi dari wilayah-wilayah tersebut, mengindikasikan
adanya aliran genetik di kawasan Indo-Pasifik. Kesimpulan dari penelitian ini menunjukkan bahwa
analisis DNA mitokondria efektif dalam mengidentifikasi spesies dan memetakan hubungan genetik
antar populasi penyu hijau. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi dasar ilmiah dalam
mendukung upaya konservasi penyu hijau secara berkelanjutan di Kabupaten Simeulue.
Kata kunci: DNA, Filogenetik, PCR, Penyu hijau

ABSTRACT The green turtle (Chelonia mydas) is one of the most commonly found sea turtle species in tropical and subtropical waters and is categorized as a protected species due to the threat of extinction caused by overexploitation and habitat degradation. Salaut Besar Island in Simeulue District serves as a nesting site for green turtles; however, genetic information regarding the origin and phylogenetic relationship of the turtle population in this area remains undocumented. This study aims to identify the green turtle species originating from. Salaut Besar Island and analyze its genetic relationship with populations from other regions using mitochondrial DNA analysis. This research employed a descriptive qualitative approach using five tissue samples collected from green turtles at Salaut Besar Island. DNA extraction was conducted using the 2x CTAB method, followed by amplification of the mitochondrial cytochrome-b gene via Polymerase Chain Reaction (PCR) using primers LCM-15382 and H950g. PCR products were visualized through 2% agarose gel electrophoresis and subsequently sequenced. The resulting sequences were analyzed using the BLAST tool for species identification, and phylogenetic trees were constructed using MEGA 11.0 software with the Neighbor-Joining method and 1000 bootstrap replications. The results demonstrated successful amplification of all samples, producing DNA fragments of approximately 800 bp. BLAST analysis revealed high sequence similarity (99.43%–100%) with Chelonia mydas specimens from Bali, Malaysia, and China. The phylogenetic tree showed strong genetic relatedness between the Salaut Besar Island population and those from other regions, indicating significant gene flow within the Indo-Pacific region. In conclusion, mitochondrial DNA analysis proved to be an effective method for species identification and genetic relationship mapping of green turtles. These findings provide a scientific foundation to support targeted and sustainable conservation strategies for green turtles in Simeulue District. Keywords: DNA, Green Turtle, Phylogenetics, PCR.