Electronic Theses and Dissertation

RINGKASAN

Plasma nutfah merupakan sumberdaya genetik yang bernilai dan berpotensi besar untuk dimanfaatkan menjadi bibit ternak yang unggul. Salah satu komoditas kekayaan plasma nutfah adalah ternak kerbau. Perkembangan salah satu plasma nutfah kerbau di Provinsi Aceh yaitu kerbau Gayo berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian RI, Nomor : 302/Kpts/SR.120/5/2017 Tanggal 4 Mei 2017, Kerbau Gayo merupakan sumber daya genetik ternak lokal yang harus dilestarikan, tentu saja hal ini juga dapat mendorong kerbau Lokal Aceh Barat Daya menjadi plasma nutfah di Provinsi Aceh. Secara fenotipe antara kerbau lokal Aceh Barat Daya dan kerbau Gayo terdapat perbedaan dari segi tubuh yang padat dan panjang serta kaki yang kokoh. Akan tetapi belum ada pendugaan terkait hubungan kekerabatan antara kerbau lokal Aceh Barat Daya dan kerbau Gayo. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian tentang karakterisasi genetik DNA Mitrokondria D-Loop kerbau lokal Aceh Barat Daya dan kerbau gayo di Provinsi Aceh melalui analisis komposisi nukleotida, jarak genetik dan pohon filogeni.
Penelitian ini menggunakan DNA mitokondria yang di ekstraksi dari sampel darah kerbau Aceh Barat Daya sebanyak 4 ekor dan sampel kerbau Gayo sebanyak 4 ekor. PCR dilakukan dengan menggunakan primer (Forward) sebagai berikut: (5`-TAGTGCTAATACCAACGGCC-3`) dan primer (Reverse) (5`-AGGCATTTTCAGTGCCTTGC- 3`) Primer-primer tersebut digunakan pada sekuens mtDNA kerbau yang telah dipublikasikan (Parma et al., 2004). Hasil sekuensing kemudian dianalisis dengan menggunakan Allighnment by ClustalW dalam program MEGA 11.
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan menunjukkan bahwa adanya variasi nukleotida yang terjadi pada kerbau lokal Aceh Barat Daya dan kerbau Gayo. Kerbau lokal Aceh Barat Daya merupakan populasi yang spesifik, memiliki jarak genetik yang jauh dengan kerbau Gayo. kerbau lokal Aceh Barat Daya membentuk satu klaster terpisah dari populasi kerbau Gayo meskipun kedua populasi tersebut berada dalam provinsi Aceh. Oleh karena itu tidak terdapat hubungan kekerabatan antara kerbau lokal aceh barat daya dan kerbau gayo di provinsi aceh.

SUMMARY Germplasm is a valuable genetic resource with significant potential for development into superior livestock. One such commodity rich in germplasm is buffalo. The development of one of the buffalo germplasm in Aceh Province, namely the Gayo buffalo based on the Decree of the Minister of Agriculture of the Republic of Indonesia, Number: 302 / Kpts / SR.120 / 5/2017 Dated May 4, 2017, the Gayo buffalo is a local livestock genetic resource that must be preserved, of course this can also encourage the local buffalo of Southwest Aceh to become germplasm in Aceh Province. Phenotypically, between the local buffalo of Southwest Aceh and the Gayo buffalo, there are differences in terms of a solid and long body and sturdy legs. However, there has been no estimate regarding the kinship relationship between the local buffalo of Southwest Aceh and the Gayo buffalo. Therefore, it is necessary to conduct research on the genetic characterization of D-Loop Mitrochondrial DNA of the local buffalo of Southwest Aceh and the Gayo buffalo in Aceh Province through analysis of nucleotide composition, genetic distance and phylogenetic tree. This study used mitochondrial DNA extracted from 4 blood samples of Southwest Aceh buffalo and 4 samples of Gayo buffalo. PCR was performed using the following primers (Forward): (5`-TAGTGCTAATACCAACGGCC-3`) and primers (Reverse) (5`-AGGCATTTTCAGTGCCTTGC-3`) These primers were used on the published buffalo mtDNA sequence (Parma et al., 2004). The sequencing results were then analyzed using Allighnment by ClustalW in the MEGA 11 program. Based on the research that has been conducted, it shows that there is a nucleotide variation that occurs in the local buffalo of Southwest Aceh and the Gayo buffalo. The local buffalo of Southwest Aceh is a specific population, having a large genetic distance from the Gayo buffalo. The local buffalo of Southwest Aceh forms a separate cluster from the Gayo buffalo population even though both populations are within the province of Aceh. Therefore, there is no kinship relationship between the local buffalo of Southwest Aceh and the Gayo buffalo in Aceh province .