Electronic Theses and Dissertation

Kerbau merupakan ternak asli Indonesia dengan pembuktian melalui penelitian genetika molekuler (Rusdin et al., 2018). Kerbau rawa (Bubalus bubalis) adalah salah satu ternak sebagai sumber protein hewani yang berpotensi dikembangkan di berbagai wilayah Indonesia salah satunya di Provinsi Aceh. Provinsi Aceh termasuk wilayah yang memiliki populasi kerbau yang banyak. Kerbau di Provinsi Aceh ada kemungkinan terbagi tiga sub populasi yang berbeda. Kerbau Gayo dan Simeulue merupakan sumber daya genetik ternak lokal yang telah ditetapkan pemerintah sebagai dua rumpun ternak yang perlu dilestarikan, dikembangkan dan dimanfaatkan. Namun kerbau lokal yang ada di Aceh Barat belum pernah dilaporkan sebagai sub populasi yang sama atau berbeda dan hal ini belum pernah dilaporkan. Padahal kejelasan pembagian sub populasi merupakan hal penting untuk memudahkan Upaya pengembangan sumber daya genetik ternak di Provinsi Aceh. Oleh karena itu, perlu dilakukannya penelitian ini untuk mengidentifikasi keragaman genetik D-Loop DNA Mitokondria pada kerbau lokal Aceh Barat dan Kerbau Gayo dan melihat hubungan kekerabatan antara kedua populasi kerbau lokal tersebut melalui analisis komposisi nukleotida, jarak genetik dan pohon filogeni.
Penelitian ini menggunakan DNA mitokondria yang diekstraksi dari sampel darah kerbau Aceh Barat sebanyak 4 ekor dan sampel kerbau Gayo sebanyak 4 ekor. PCR dilakukan dengan menggunakan sepasang primer yaitu forward (5’-TAGTGCTAATACCAACGGCC-3’) dan reverse (5’-AGGCATTTTCAGTGCCTTGC-3’) Primer-primer tersebut didasarkan pada sekuen mtDNA kerbau yang telah dipublikasikan (Parma et al., 2004). Data hasil sekuensing selanjutnya dianalisis menggunakan Alignment by ClustalW dalam Program MEGA 11.
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan menunjukkan bahwa ada variasi nukleotida pada kerbau lokal Aceh Barat dan kerbau Gayo. Kerbau lokal Aceh Barat merupakan populasi yang spesifik, memiliki jarak genetik yang terpisah dengan kerbau Gayo, tetapi tidak terlalu jauh. Kerbau lokal Aceh Barat membentuk satu klaster terpisah dari populasi kerbau Gayo, meskipun keduanya berasal dari wilayah yang sama yaitu Provinsi Aceh. Oleh karena itu, tidak terdapat hubungan kekerabatan antara kerbau lokal Aceh Barat dan Kebau Gayo di Provinsi Aceh.

Buffalo is a native Indonesian livestock, proven through molecular genetic research (Rusdin et al., 2018) . Swamp buffalo ( Bubalus bubalis ) is one of the livestock as a source of animal protein that has the potential to be developed in various regions of Indonesia, one of which is in Aceh Province. Aceh Province is an area with a large buffalo population. Buffalo in Aceh Province is likely divided into three different subpopulations. Gayo and Simeulue buffalo are local livestock genetic resources that have been designated by the government as two livestock groups that need to be preserved, developed and utilized. However, local buffalo in West Aceh have never been reported as the same or different subpopulations and this has never been reported. Whereas clear subpopulation division is important to facilitate efforts to develop livestock genetic resources in Aceh Province. Therefore, it is necessary to conduct this study to identify the genetic diversity of D-Loop Mitochondrial DNA in local buffalo from West Aceh and Gayo buffalo and to see the kinship between the two local buffalo populations through analysis of nucleotide composition, genetic distance and phylogenetic tree. This study used mitochondrial DNA extracted from blood samples of 4 West Aceh buffaloes and 4 Gayo buffaloes. PCR was performed using a pair of primers, namely forward (5'-TAGTGCTAATACCAACGGCC-3') and reverse (5'-AGGCATTTTCAGTGCCTTGC-3'). These primers were based on published buffalo mtDNA sequences (Parma et al., 2004) . The sequencing data were then analyzed using Alignment by ClustalW in the MEGA 11 program. Research has shown that there are nucleotide variations in the local buffalo of West Aceh and the Gayo buffalo. The local buffalo of West Aceh is a specific population, with a genetic distance separate from the Gayo buffalo, but not too far. The local buffalo of West Aceh forms a separate cluster from the Gayo buffalo population, even though both originate from the same region, namely Aceh Province. Therefore, there is no kinship between the local buffalo of West Aceh and the Gayo buffalo in Aceh Province.