Electronic Theses and Dissertation

Alzheimer merupakan penyakit neurodegeneratif yang ditandai dengan penurunan
fungsi kognitif serta dapat dipicu oleh respons neuroinflamasi. Perkembangan
alzheimer dapat dihambat melalui penggunaan minyak atsiri yang terkandung pada
tanaman herbal. Minyak nilam aceh (Pogostemon cablin Benth.) mengandung
senyawa aktif yang diketahui memiliki aktivitas antiinflamasi. Penelitian ini bertujuan
untuk mengeksplorasi potensi senyawa aktif minyak nilam sebagai agen penghambat
neuroinflamasi pada penyakit alzheimer dengan pendekatan network pharmacology,
molecular docking, dan molecular dynamics simulations. Penelitian ini menggunakan
data sekunder dari hasil GC-MS minyak nilam dengan total 63 senyawa aktif. Hasil
analisis network pharmacology menunjukkan bahwa senyawa aktif minyak nilam
memiliki potensi sebagai inhibitor neuroinflamasi dengan menghambat protein TLR4.
Hasil analisis molecular docking memperlihatkan bahwa senyawa Nootkatene, Beta
patchoulene, dan Patchouli alcohol memiliki potensi penghambatan terhadap protein
TLR4 berdasarkan afinitas pengikatan dengan nilai binding energy masing-masing
sebesar -9.2 kcal/mol, -8.4 kcal/mol, dan -7.3 kcal/mol, terbentuknya ikatan hidrofobik
dan Van der Waals serta posisi pengikatan residu asam amino yang mirip dengan ligan
kontrol. Hasil analisis molecular dynamic simulation mengindikasikan bahwa ketiga
senyawa uji yang terpilih memiliki stabilitas yang baik ketika disimulasikan selama 50
ns pada kondisi tubuh manusia. Secara umum, penelitian ini mengungkapkan bahwa
senyawa Nootkatene, Beta patchoulene, dan Patchouli alcohol memiliki potensi yang
sangat baik sebagai inhibitor neuroinflamasi pada penyakit alzheimer.

Kata Kunci: alzheimer, in silico, minyak nilam, TLR4

Alzheimer is a neurodegenerative disease characterized by decreased cognitive function and can be triggered by a neuroinflammatory response. The development of alzheimer can be inhibited through the use of essential oils contained in herbal plants. Patchouli aceh oil (Pogostemon cablin Benth.) contains active compounds known to have anti-inflammatory activity. This study aims to explore the potential of patchouli oil active compounds as neuroinflammatory inhibiting agents in alzheimer disease with network pharmacology, molecular docking, and molecular dynamics simulations approaches. This study uses secondary data from GC-MS results of patchouli oil with a total of 63 active compounds. The results of network pharmacology analysis show that patchouli oil active compounds have potential as neuroinflammatory inhibitors by inhibiting TLR4 protein. The results of molecular docking analysis show that Nootkatene, Beta patchoulene, and Patchouli alcohol compounds have inhibitory potential against TLR4 protein based on binding affinity with binding energy values of -9.2 kcal/mol, -8.4 kcal/mol, and -7.3 kcal/mol, respectively, the formation of hydrophobic and Van der Waals bonds and the binding position of amino acid residues similar to the control ligand. The results of molecular dynamic simulation analysis indicated that the three selected test compounds had good stability when simulated for 50 ns under human body conditions. In general, this study revealed that Nootkatene, Beta patchoulene, and Patchouli alcohol compounds have excellent potential as neuroinflammatory inhibitors in alzheimer disease. Keywords : alzheimer, in silico, patchouli oil, TLR4