Risa Chintia Balqis Primary Author mixed material bibliography Banda Aceh Program Studi Magister Kimia 2025 id Indonesia

Theses

Lipase PLS 80 adalah enzim termostabil yang diisolasi dari mikroorganisme termohalofilik. Enzim ini memiliki aktivitas optimum pada suhu 70 °C dan toleran terhadap keberadaan garam. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi struktur lipase PLS 80 pada pelarut air dengan penambahan variasi garam NaCl pada suhu mesofilik, termofilik dan hipertermofilik. Stabilitas enzim dipelajari secara komputasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul menggunakan software AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) versi 22. Simulasi dilakukan pada suhu 300, 343 dan 373 K dengan konsentrasi NaCl 0; 0,6; 2, dan 4 M selama 100 ns. Hasil simulasi dianalisis berdasarkan sembilan parameter, yaitu Root Mean Square Deviation (RMSD), jari-jari girasi, Solvent Accessible Surface Area (SASA), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), energi total protein, ikatan hidrogen protein, interaksi elektrostatik, analisis struktur sekunder, dan analisis luas pusat aktif. Nilai RMSD cenderung rendah dan lebih stabil dengan penambahan garam. Nilai RMSF juga menunjukkan bahwa penambahan garam menyebabkan residu menjadi lebih compact. Analisis nilai SASA menunjukkan bahwa garam berkontribusi untuk menjaga area polar dan non-polar enzim dari paparan molekul air pada berbagai variasi suhu. Penambahan garam juga memberikan efek yang signifikan terhadap struktur, terlihat dari konstannya nilai jari-jari girasi, berubahnya energi total protein, turunnya jumlah ikatan hidrogen serta meningkatnya interaksi elektrostatik. Struktur PLS 80 juga memiliki lebih banyak komposisi α-helix dan β-sheet. Terbentuknya pasangan residu-ion juga memberikan peran penting terhadap stabilitas struktur PLS 80. Selain itu, analisis luas pusat aktif menunjukkan bahwa penambahan garam menjadikan jarak antar residu pada sisi aktif lebih dekat, sehingga enzim diduga memiliki aktivitas yang lebih baik pada suhu tinggi. Berdasarkan hasil-hasil diperoleh, dapat disimpulkan bahwa penambahan garam berpengaruh terhadap kestabilan struktur lipase pada berbagai suhu. Penambahan garam dengan konsentrasi 2 M memberikan pengaruh yang paling baik terhadap stabilitas struktur enzim pada 343 K. LIPASES ENZYMES - BIOCHEMISTRY 572.757 ELECTRONIC THESES AND DISSERTATION Universitas Syiah Kuala 151211 2025-03-14 02:49:45 2025-03-14 10:58:02 machine generated