Electronic Theses and Dissertation

Pengujian in silico terhadap tanaman Bunga Mestu (Acacia farnesiana Willd) dan
Gelinggan (Cassia alata L.) dilakukan bertujuan untuk mengevaluasi potensi
senyawa akif dalam menghambat penyakit hepatitis, AIDS, TBC, kanker kulit dan
kanker payudara. Metodologi penelitian meliputi pengunduhan informasi senyawa
dari basis data KNApSAcK serta PubChem untuk memperoleh struktur 3D senyawa
tersebut. Struktur protein target diunduh melalui Protein Data Bank (PDB) dan
dipreparasi menggunakan software BIOVIA Discovery Visualizer 2021. Selanjutya
dilakukan pengujian Lipinski’s Rule of Five melalui website SWISSADME, diikuti
dengan molecular docking menggunakan aplikasi PyRx untuk menentukan nilai
binding affinity senyawa terhadap protein target penyakit yang diteliti. Hasil
penelitian menunjukkan bahwa Acacia farnesiana memiliki 15 senyawa aktif
sedangkan Cassia alata memiliki 13 senyawa aktif berdasarkan database
KNApSAcK. Pengujian Lipinski’s Rule of Five (RO5) pada kedua spesies diperoleh
masing-masing 8 senyawa aktif. Hasil molecular docking divisualisasikan
berdasarkan nilai binding affinity serta interaksi ligan uji dan protein target untuk
menentukan senyawa dengan aktivitas terbaik. Nilai binding affinity paling baik
pada spesies Acacia farnesiana diantaranya Farnisin yang memiliki 3 ikatan
hidrogen untuk daya hambat penyakit hepatitis serta 4 ikatan hidrogen untuk daya
hambat penyakit kanker kulit. Acasiane B dengan 3 ikatan hidrogen untuk daya
hmabat penyakit TBC dan Diomestin memiliki 1 ikatan hidrogen untuk daya hambat
penyakit kanker payudara. Pada spesies Cassia alata senyawa yang memiliki nilai
binding affinity paling baik diantaranya Chrobisiamone A yang menunjukkan 3
ikatan hidrogen untuk daya hambat penyakit hepatitis dan TBC, serta nilai binding
affinity paling baik untuk penyakit AIDS namun tidak ada ikatan hidrogen yang
terjadi. Chrysoeriol memiliki 3 ikatan hidrogen untuk daya hambat kanker kulit dan
Quercetin menunjukkan 2 ikatan hidrogen untuk daya hambat penyakit kanker
payudara.
Kata kunci: Pengujian In Silico, Molecular Docking, Acacia farnesiana, Cassia
alata, Lipinski’s Rule of Five, Binding Affinity, Senyawa aktif.

In silico testing of Bunga Mestu (Acacia farnesiana Willd) and Gelinggan (Cassia alata L.) plants was conducted to evaluate the potential of active compounds in inhibiting hepatitis, AIDS, tuberculosis, skin cancer and breast cancer. The research methodology includes downloading compound information from the KNApSAcK database and PubChem to obtain the 3D structure of the compound. The target protein structure was downloaded through the Protein Data Bank (PDB) and preprepared using BIOVIA Discovery Visualizer 2021 software. Furthermore, Lipinski's Rule of Five testing was carried out through the SWISSADME website, followed by molecular docking using the PyRx application to determine the binding affinity value of the compound to the target protein of the disease under study. The results showed that Acacia farnesiana has 15 active compounds while Cassia alata has 13 active compounds based on the KNApSAcK database. Lipinski's Rule of Five (RO5) testing on both species obtained 8 active compounds each. The molecular docking results were visualized based on the binding affinity value as well as the interaction of test ligands and target proteins to determine the compounds with the best activity. The best binding affinity values in Acacia farnesiana species include Farnisin which has 3 hydrogen bonds for hepatitis disease inhibition and 4 hydrogen bonds for skin cancer inhibition. Acasiane B with 3 hydrogen bonds for TBC disease inhibition and Diomestin has 1 hydrogen bond for breast cancer inhibition. In Cassia alata species, the compounds that have the best binding affinity value include Chrobisiamone A which shows 3 hydrogen bonds for hepatitis and tuberculosis disease inhibition, and the best binding affinity value for AIDS disease but no hydrogen bonds occur. Chrysoeriol has 3 hydrogen bonds for skin cancer inhibition and Quercetin shows 2 hydrogen bonds for breast cancer inhibition. Keywords: In Silico Testing, Molecular Docking, Acacia farnesiana, Cassia alata, Lipinski’s Rule of Five, Binding Affinity, Active Compounds.