Electronic Theses and Dissertation

Tanaman Pala (Myristica fragrans Houtt.) merupakan salah satu komoditas unggulan dalam ekspor perkebunan dari Kabupaten Aceh Selatan. Budidaya tanaman pala yang sudah dikembangkan sejak lama di Kabupaten Aceh Selatan memungkinkan munculnya variasi genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi genetik varietas lokal tanaman pala (Myristica fragrans Houtt.) menggunakan teknik DNA barcoding berdasarkan gen matK dan rbcL serta menganalisis kekerabatan dari varietas lokal tanaman pala berdasarkan data molekuler. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif dengan tahap isolasi DNA, amplifikasi, sequencing dan rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA X dengan metode maximum parsimony serta bootstrap 1000 pengulangan. Hasil penelitian menunjukkan ukuran DNA hasil amplifikasi dengan gen matK dan rbcL berturut-turut berukuran antara 850-890 bp dan 620-670 bp. Berdasarkan gen matK, rbcL, dan matK + rbcL varietas tanaman pala memiliki hubungan kekerabatan yang erat dengan spesies Myristica beddomei dan Myristica yunnanensis. Analisis hasil BLAST dan konstruksi filogenetik menunjukkan seluruh sampel varietas lokal tanaman pala (Myristica fragrans Houtt.) mengelompok dengan Myristica yunnanensis berdasarkan gen matK, dan matK + rbcL. Sementara itu, semua sampel varietas lokal tanaman pala (Myristica fragrans Houtt.) (kecuali pala rambeu (PR_r)) pada gen rbcL membentuk kelompok dengan Myristica beddomei, sedangkan sampel varietas lokal pala rambeu (PR_r) membentuk kelompok dengan spesies yang berasal dari data yang diperoleh melalui hasil BLAST di NCBI. Berdasarkan hasil tersebut menunjukkan bahwa gen matK dan rbcL belum mampu untuk mendeterminasi varietas lokal tanaman pala (Myristica fragrans Houtt.) hingga ke tingkat varietas, namun hanya mampu mendeterminasi hingga ke tingkat genus.

Nutmeg (Myristica fragrans Houtt.) is one of the leading commodities in plantation exports from South Aceh Regency. The cultivation of nutmeg plants that has been developed for a long time in South Aceh Regency allows the emergence of genetic variations. This study aims to identify the genetics of local varieties of nutmeg (Myristica fragrans Houtt.) using DNA barcoding techniques based on the matK and rbcL genes and analyze the kinship of local varieties of nutmeg based on molecular data. This study uses a descriptive method with the stages of DNA isolation, amplification, sequencing and phylogenetic tree reconstruction using MEGA X with the maximum parsimony method and bootstrap 1000 repetitions. The results showed that the size of the amplified DNA with the matK and rbcL genes was between 850-890 bp and 620-670 bp, respectively. Based on the matK, rbcL, and matK + rbcL genes, nutmeg plant varieties are closely related to Myristica beddomei and Myristica yunnanensis species. Analysis of BLAST results and phylogenetic construction showed that all samples of local varieties of nutmeg (Myristica fragrans Houtt.) grouped with Myristica yunnanensis based on the matK gene, and matK + rbcL. Meanwhile, all samples of local varieties of nutmeg (Myristica fragrans Houtt.) (except nutmeg rambeu (PR_r)) on the rbcL gene formed a group with Myristica beddomei, while the sample of local varieties of nutmeg rambeu (PR_r) formed a group with species derived from data obtained through BLAST results at NCBI. Based on these results, it shows that the matK and rbcL genes have not been able to determine local varieties of nutmeg (Myristica fragrans Houtt.) to the variety level, but are only able to determine up to the genus level.