Electronic Theses and Dissertation

ABSTRAK
Parasit Paramphistomatidae adalah parasit rumen pada hewan ruminansia dengan prevalensi tinggi di daerah tropis dan subtropis, yang distribusinya diperluas oleh perubahan iklim. Penyakit yang disebabkannya yaitu paramphistomiasis dapat merusak jaringan, mengganggu kesehatan ternak, menurunkan nilai jual ternak dan menyebabkan kerugian ekonomi signifikan. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi molekuler cacing paramphistomatidae pada rumen sapi aceh untuk mengetahui morfologi dan data sekuen molekul DNA-nya. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 35 cacing paramphistomatidae yang terdapat di 5 rumen sapi aceh. Pemeriksaan morfologi dilakukan dengan pengamatan mikroskop dan menghitung tiga parameter yaitu panjang badan, lebar badan dan pengukuran berat cacing. Tahapan penelitian molekuler meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi, sekuensing, dan analisis bioinformatika serta konstruksi filogenetik. Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer ITS 1 untuk identifikasi molekuler. Hasil sekuen nukleotida diolah lebih lanjut menggunakan software MEGA dan BLAST. Hasil penelitian morfologi didapati hasil cacing berbentuk seperti buah pir dengan ujung anterior meruncing dan posterior melebar,dan berwarna merah muda dengan panjang rata-rata 22,71 mm dan lebar rata-rata 7,42 mm,sedangkan berdasarkan hasil analisis identifikasi molekuler menunjukkan cacing Paramphistomum sp. teramplifikasi pada pita target ~550 pb. Berdasarkan hasil BLAST Paramphistomum sp. asal Aceh memiliki kemiripan spesies sebesar 98% dengan China dan analisis konstruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa Paramphistomum sp. asal Aceh memiliki kekerabatan terdekat dengan Paramphistomum cervi. yang dilaporkan dari Egypt (MH558675). Sehingga disimpulkan bahwa penelitian ini berhasil mengidentifikasi Paramphistomum sp. pada sapi aceh berdasarkan analisis morfologi dan molekuler serta dapat diidentifikasi spesies Paramphistomum sp. asal Aceh melalui kemiripan dengan P.cervi .
Kata kunci: ITS1, Paramphistomatidae, polymerase chain reaction, sapi aceh

ABSTRACT Paramphistomatidae parasites are rumen parasites in ruminant animals with high prevalence in tropical and subtropical areas, whose distribution is expanded by climate change. The disease it causes, namely paramphistomiasis, can damage tissue, disrupt livestock health, reduce livestock sales value and cause significant economic losses. This study aims to identify the molecular characteristics of paramphistomatidae worms in the rumen of Acehnese cattle to determine the morphology and sequence data of their DNA molecules. The samples used in this study were 35 paramphistomatidae worms found in 5 Acehnese cattle rumen. Morphological examination was carried out by microscopic observation and calculating three parameters, namely body length and body width. The stages of molecular research include DNA extraction, amplification, sequencing, and bioinformatics analysis and phylogenetic construction. Polymerase Chain Reaction (PCR) uses ITS 1 primer for molecular identification. The results of the nucleotide sequence were further processed using MEGA and BLAST software. The results of the morphological study found that the worms were shaped like pears with a tapered anterior end and a widened posterior end, and were pink in color with an average length of 22.71 mm and an average width of 7.42 mm, while based on the results of the molecular identification analysis, the Paramphistomum sp. worm was amplified on the target band ~550 bp. Based on the BLAST results, Paramphistomum sp. from Aceh has a species similarity of 98% with China and the analysis of the phylogenetic tree construction shows that Paramphistomum sp. from Aceh has the closest kinship to Paramphistomum cervi. which was reported from Egypt (MH558675). So it is concluded that this study has succeeded in identifying Paramphistomum sp. in Acehnese cattle based on morphological and molecular analysis and can be identified as the Paramphistomum sp. species from Aceh through its similarity to P.cervi. Key words: ITS1, Paramphistomatidae, polymerase chain reaction, aceh cattle