Electronic Theses and Dissertation

Virus SARS-CoV-2 terus mengalami mutasi sehingga menghasilkan varian-varian baru dengan fenotipe, pola transmisi, dan virulensi yang berbeda-beda. WHO (World Health Organization) mengelompokkan varian tersebut menjadi tiga kelompok besar, yaitu Variants of Interest (VOI), Variants under Monitoring (VUM), dan Variants of Concern (VOC). Salah satu mutasi yang termasuk ke dalam variants of concern adalah mutasi ΔH69-V70 yang spesifik ditemukan pada varian B.1.1.7 (alpha) yang muncul pertama kali di Inggris pada September 2020. Metode deteksi whole genome sequencing (WGS) berhasil digunakan pada genom virus SARS-CoV-2 untuk mengetahui mutasi, pemetaan persebaran hingga deteksi beberapa varian baru. Namun di Indonesia sendiri, metode whole genome sequencing (WGS) masih sangat jarang digunakan dikarenakan oleh biaya operasional pelaksanaannya yang mahal dan membutuhkan waktu, serta pelatihan keterampilan lanjutan. Oleh karena itu, diperlukan pengembangan metode yang lebih mudah dan ekonomis untuk pemantauan dan pengawasan variants of concern (VOC) terutama yang memungkinkan untuk diterapkan pada negara berkembang, seperti metode deteksi menggunakan PCR konvensional. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui konsistensi dan karakterisasi protokol deteksi molekuler mutasi ΔH69-V70 virus SARS-CoV-2 menggunakan mesin PCR TECHNE TC-5000. Parameter penelitian yang diamati meliputi ukuran produk PCR, limit deteksi, dan spesifisitas (kemampuan membedakan wild type (WT) & mutant (MT) ΔH69-V70). Penelitian ini bersifat deskriptif kualitatif dengan melakukan karakterisasi protokol deteksi molekuler pada sampel yang mengandung mutasi ΔH69-V70 dan pada sampel yang tidak mengandung mutasi ΔH69-V70, serta kelompok kontrol NTC (No Template Control) yang tidak mengandung sampel. Hasil penelitian menunjukkan protokol deteksi yang telah dikembangkan dengan menggunakan primer yang telah dipatenkan dapat digunakan untuk mendeteksi mutasi ΔH69-V70. Uji spesifisitas menunjukkan bahwasanya primer yang digunakan spesifik hanya mengenali target DNA saja dan uji limit deteksi menunjukkan tingkat sensitivitas yang tinggi, dimana mesin PCR TECHNE TC-5000 mampu mendeteksi sampel DNA hingga pada pengenceran 10-9 atau hingga konsentrasi 1,31 pikomol/L.

Kata kunci: Mutasi ΔH69-V70 virus SARS-CoV-2, PCR, sensitivitas, spesifisitas, Virus SARS-CoV-2.

The SARS-CoV-2 virus continues to undergo treatment, resulting in new variants with different phenotypes, transmission patterns and virulence. WHO (World Health Organization) groups these variants into three large groups, namely Variants of Interest (VOI), Variants under Monitoring (VUM), and Variants of Concern (VOC). One of the treatments included in the variants of concern is the ΔH69-V70 treatment which is specifically found in the B.1.1.7 (alpha) variant which first appeared in the UK in September 2020. The Whole Genome Sequencing (WGS) detection method was successfully used on the viral genome SARS-CoV-2 to find out about treatment, distribution maps and detection of several new variants. However, in Indonesia itself, the Whole Genome Sequencing (WGS) method is still rarely used because the operational costs of implementing it are expensive and require time, as well as advanced skills training. Therefore, it is necessary to develop easier and more economical methods for monitoring and monitoring variants of concern (VOC), especially those that can be applied in developing countries, such as detection methods using conventional PCR. The aim of this study was to determine the consistency and characterization of the molecular detection protocol for treatment of the ΔH69-V70 SARS-CoV-2 virus using the TECHNE TC-5000 PCR machine. The research parameters observed included PCR product size, detection limit, and specificity (ability to differentiate wild type (WT) & mutant (MT) ΔH69-V70). This research is a qualitative descriptive study by characterizing the molecular detection protocol on samples containing the ΔH69-V70 mutation and on samples that do not contain the ΔH69-V70 drug, as well as the NTC (No Template Control) control group that does not contain the ΔH69-V70 mutation. The results showed that the detection protocol that had been developed using the patented primers could be used to detect ΔH69-V70 treatment. The specificity test shows that the primer used specifically only multiplies the target DNA and the detection limit test shows a high level of sensitivity, where the TECHNE TC-5000 PCR machine is able to detect DNA samples up to a dilution of 10-9 or up to a concentration of 1.31 picomol/L. Keywords: Mutation ΔH69-V70 SARS-CoV-2 virus, PCR, sensitivity, specificity SARS-CoV-2 virus