Aufa Rizqia Haz Primary Author mixed material bibliography Banda Aceh Fakultas mipa 2024

Skripsi

Virus SARS-CoV-2 terus mengalami mutasi sehingga menghasilkan varian-varian baru dengan fenotipe, pola transmisi, dan virulensi yang berbeda-beda. WHO (World Health Organization) mengelompokkan varian tersebut menjadi tiga kelompok besar, yaitu Variants of Interest (VOI), Variants under Monitoring (VUM), dan Variants of Concern (VOC). Salah satu mutasi yang termasuk ke dalam variants of concern adalah mutasi ΔH69-V70 yang spesifik ditemukan pada varian B.1.1.7 (alpha) yang muncul pertama kali di Inggris pada September 2020. Metode deteksi whole genome sequencing (WGS) berhasil digunakan pada genom virus SARS-CoV-2 untuk mengetahui mutasi, pemetaan persebaran hingga deteksi beberapa varian baru. Namun di Indonesia sendiri, metode whole genome sequencing (WGS) masih sangat jarang digunakan dikarenakan oleh biaya operasional pelaksanaannya yang mahal dan membutuhkan waktu, serta pelatihan keterampilan lanjutan. Oleh karena itu, diperlukan pengembangan metode yang lebih mudah dan ekonomis untuk pemantauan dan pengawasan variants of concern (VOC) terutama yang memungkinkan untuk diterapkan pada negara berkembang, seperti metode deteksi menggunakan PCR konvensional. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui konsistensi dan karakterisasi protokol deteksi molekuler mutasi ΔH69-V70 virus SARS-CoV-2 menggunakan mesin PCR TECHNE TC-5000. Parameter penelitian yang diamati meliputi ukuran produk PCR, limit deteksi, dan spesifisitas (kemampuan membedakan wild type (WT) & mutant (MT) ΔH69-V70). Penelitian ini bersifat deskriptif kualitatif dengan melakukan karakterisasi protokol deteksi molekuler pada sampel yang mengandung mutasi ΔH69-V70 dan pada sampel yang tidak mengandung mutasi ΔH69-V70, serta kelompok kontrol NTC (No Template Control) yang tidak mengandung sampel. Hasil penelitian menunjukkan protokol deteksi yang telah dikembangkan dengan menggunakan primer yang telah dipatenkan dapat digunakan untuk mendeteksi mutasi ΔH69-V70. Uji spesifisitas menunjukkan bahwasanya primer yang digunakan spesifik hanya mengenali target DNA saja dan uji limit deteksi menunjukkan tingkat sensitivitas yang tinggi, dimana mesin PCR TECHNE TC-5000 mampu mendeteksi sampel DNA hingga pada pengenceran 10-9 atau hingga konsentrasi 1,31 pikomol/L. Kata kunci: Mutasi ΔH69-V70 virus SARS-CoV-2, PCR, sensitivitas, spesifisitas, Virus SARS-CoV-2. 0 ELECTRONIC THESES AND DISSERTATION Universitas Syiah Kuala 126510 2024-07-24 12:25:30 2024-07-25 09:37:07 machine generated