Electronic Theses and Dissertation

Nilam aceh (Pogostemon cablin Benth.) merupakan salah satu kelompok tanaman
penghasil minyak atsiri yang diperlukan dalam berbagai bidang industri seperti
produk kosmetik, parfum, hingga obat-obatan. Teknologi terbaru saat ini yaitu third
generation sekuensing yang merupakan pengembangan dari teknologi next
generation sekuensing telah memungkinkan pengurutan seluruh genom kloroplas
(complete chloroplast genome). Genom kloroplas tumbuhan dapat digunakan sebagai
penanda untuk evaluasi keragaman genetik, identifikasi molekuler, dan dapat
dijadikan sebagai DNA barcode tanaman karena strukturnya yang lestari. Penelitian
ini dilakukan untuk mengkarakterisasi dan mengetahui hasil analisis filogenomik
nilam aceh (Pogostemon cablin Benth.) varietas sidikalang berdasarkan complete
chloroplast genome. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif dengan tahapan
penelitian yaitu isolasi DNA, pengujian kuantitas dan kualitas DNA, sekuensing dan
konstruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA X metode maximum parsimony
dengan bootstrap sebanyak 1000 pengulangan. Sekuens genom kloroplas
Pogostemon cablin varietas sidikalang yang diperoleh dari penelitian ini berukuran
152.509 bp. dengan sepasang struktur Inverted Repeat (IRa dan IRb) masing-masing
sebesar 25.663 bp, Large Single Copy (LSC) sebesar 83.593 bp dan Small Single
Copy (SSC) sebesar 17.590 bp. Gen-gen pada genom kloroplas yang berhasil
dianotasi dari Pogostemon cablin varietas sidikalang adalah sebanyak 114 gen,
antara lain 80 protein-coding genes (PCG), 30 tRNA, dan empat rRNA. Analisis
filogenomik genus Pogostemon membentuk dua subgenus (Pogostemon dan
Dysophyllus), di mana Pogostemon cablin varietas sidikalang menunjukkan
kekerabatannya dengan Pogostemon cablin isolate Shipai (MF287372.1) yang
termasuk dalam subgenus Pogostemon dengan nilai bootstrap 67%.

Aceh patchouli (Pogostemon cablin Benth.) is one of a group of essential oilproducing plants that are needed in various industrial fields such as cosmetic products, perfumes, and medicines. The latest technology today, namely third generation sequencing which is a development of next generation sequencing technology, has enabled the sequencing of the entire chloroplast genome. Plant chloroplast genome can be used as a marker for genetic diversity evaluation, molecular identification, and can be used as a plant DNA barcode because of its sustainable structure. This study was conducted to characterize and determine the results of phylogenomic analysis of aceh patchouli (Pogostemon cablin Benth.) sidikalang variety based on complete chloroplast genome. This study uses a descriptive method with research stages, namely DNA isolation, DNA quantity and quality testing, sequencing and phylogenetic tree construction using MEGA X maximum parsimony method with bootstrap of 1000 repetitions. The chloroplast genome sequence of Pogostemon cablin of the Sidikalang variety obtained from this research measures 152,509 bp. with a pair of Inverted Repeat structures (IRa and IRb) of 25,663 bp each, Large Single Copy (LSC) of 83,593 bp and Small Single Copy (SSC) of 17,590 bp. The genes in the chloroplast genome successfully annotated from Pogostemon cablin sidikalang variety were 114 genes, including 80 protein-coding genes (PCG), 30 tRNA, and four rRNA. Phylogenomic analysis of the genus Pogostemon formed two subgenus (Pogostemon and Dysophyllus), where Pogostemon cablin variety sidikalang showed kinship with the Pogostemon cablin isolate Shipai (MF287372.1) which belongs to the subgenus Pogostemon with a bootstrap value of 67%.