Cut Nathasya Fahira Primary Author mixed material bibliography Banda Aceh Program Studi Magister Biologi Unsyiah 2024

Theses

Nilam aceh (Pogostemon cablin Benth.) merupakan salah satu kelompok tanaman penghasil minyak atsiri yang diperlukan dalam berbagai bidang industri seperti produk kosmetik, parfum, hingga obat-obatan. Teknologi terbaru saat ini yaitu third generation sekuensing yang merupakan pengembangan dari teknologi next generation sekuensing telah memungkinkan pengurutan seluruh genom kloroplas (complete chloroplast genome). Genom kloroplas tumbuhan dapat digunakan sebagai penanda untuk evaluasi keragaman genetik, identifikasi molekuler, dan dapat dijadikan sebagai DNA barcode tanaman karena strukturnya yang lestari. Penelitian ini dilakukan untuk mengkarakterisasi dan mengetahui hasil analisis filogenomik nilam aceh (Pogostemon cablin Benth.) varietas sidikalang berdasarkan complete chloroplast genome. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif dengan tahapan penelitian yaitu isolasi DNA, pengujian kuantitas dan kualitas DNA, sekuensing dan konstruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA X metode maximum parsimony dengan bootstrap sebanyak 1000 pengulangan. Sekuens genom kloroplas Pogostemon cablin varietas sidikalang yang diperoleh dari penelitian ini berukuran 152.509 bp. dengan sepasang struktur Inverted Repeat (IRa dan IRb) masing-masing sebesar 25.663 bp, Large Single Copy (LSC) sebesar 83.593 bp dan Small Single Copy (SSC) sebesar 17.590 bp. Gen-gen pada genom kloroplas yang berhasil dianotasi dari Pogostemon cablin varietas sidikalang adalah sebanyak 114 gen, antara lain 80 protein-coding genes (PCG), 30 tRNA, dan empat rRNA. Analisis filogenomik genus Pogostemon membentuk dua subgenus (Pogostemon dan Dysophyllus), di mana Pogostemon cablin varietas sidikalang menunjukkan kekerabatannya dengan Pogostemon cablin isolate Shipai (MF287372.1) yang termasuk dalam subgenus Pogostemon dengan nilai bootstrap 67%. 0 ELECTRONIC THESES AND DISSERTATION Universitas Syiah Kuala 123571 2024-06-12 10:42:15 2024-06-12 11:32:57 machine generated