OSAMA AL KAUTSAR Primary Author mixed material bibliography Banda Aceh Fakultas MIPA Biologi 2023 id Indonesia

Skripsi

SARS-CoV-2 adalah virus yang menyebabkan penyakit COVID-19 yang menjadi pandemi pada tahun 2020. Protein spike adalah protein yang berperan untuk mengenali reseptor hACE2 pada manusia. Penelitian ini bertujuan untuk melihat bagaimana hubungan kekerabatan antara setiap sampel virus di Aceh dan bagaimana kekerabatannya dengan sampel yang diisolasi dari Wuhan. Penelitian ini menggunakan total 270 data sekuen asal Aceh dan satu sekuen referensi asal Wuhan. Berdasarkan penamaan WHO terdapat tiga varian yang tersebar di Aceh yaitu Original, Delta dan Omikron, lalu berdasarkan penamaan Pango lineages terdapat 33 sub-varian. Analisa mutasi dilakukan dengan menggunakan alat CoVSurver yang terdapat pada situs GISAID. Rekonstruksi pohon dilakukan dengan dua metode yakni Maximum Likelihood dan Neighbor Joining. Hasil analisis dari penelitian ini didapatkan mutasi pada varian Original mengalami enam mutasi asam amino, Delta mengalami 16 mutasi asam amino dan Omikron mengalami 40 mutasi asam amino. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa varian Delta dan Original berasal dari satu nenek moyang yang sama, sedangkan pada Omikron BA.1 tidak berasal dari nenek moyang yang sama dengan varian Omikron yang lainnya. Pohon filogenetik yang direkonstruksi menggunakan metode Neighbor Joining dan Maximum Likelihood menghasilkan topologi pohon yang serupa, dengan waktu rekonstruksi pada metode Neighbor Joining lebih singkat yaitu selama tiga menit 10 detik dan metode Maximum Likelihood selama enam jam 59 menit. Kata Kunci: SARS-CoV-2, protein spike, hubungan kekerabatan, analisis mutasi. VIRUS DISEASES - BIOLOGY 571.992 ELECTRONIC THESES AND DISSERTATION Universitas Syiah Kuala 110219 2023-04-04 10:24:32 2023-05-24 09:55:33 machine generated