Electronic Theses and Dissertation

Perairan Aceh terletak diantara tiga perairan yaitu Samudra Hindia, Laut Andaman, dan Selat Malaka. Salah satu jenis ikan kerapu yang memiliki nila ekonomis tinggi di perairan tersebut adalah Cephalopholis miniata. Banyaknya tuntutan pasar menyebabkan tingkat eksploitasi yang tinggi terhadap ikan C. miniata. Untuk itu perlu dilakukan pengelolan C. miniata. Salah satu yang dibutuhkan dalam pengelolaan perikanan adalah data yang akurat dan tepat termasuk data molekuler. Namun data molekuler untuk ikan ini belum tersedia. Tujuan dari penelitian ini untuk melihat variasi genetik C. miniata dari perairan Banda Aceh dengan populasi lainnya menggunakan gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Penelitian ini dilakukan pada bulan Juli sampai Desember 2022, sampel diambil dari C. miniata Banda Aceh kemudian dibandingkan dengan sampel Genbank. Sampel ikan yang dikumpulkan dari penelitian sebanyak 11 sampel yang diambil dari PPS Kutaraja, Lampulo, Banda Aceh. Metode ekstraksi yang digunakan adalah metode C-TAB yang telah dimodifikasi. Selanjutnya juga digunakan sebanyak 16 sekuen COI dari Genbank untuk perbandingan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa populasi C. miniata perairan C. miniata Banda Aceh memiliki keragaman genetik yang tinggi, dibandingkan 6 populasi lain di Indonesia, dibuktikan dengan nilai keragaman haplotype (Hd) = 0,82 dan keragaman nukleotida (π) = 0 , dimana populasi tersebut terdistribusi menjadi 7 haplotipe dari 9 haplotipe di perairan Indonesia. Hasil rekontrusi pohon filogenetik menunjukkan satu klad utama dengan nilai Fst sebesar 0,44 sehingga tidak ada perbedaan antar populasi C. miniata di Indonesia.
Kata kunci : Perairan Aceh, Cephalopholis miniata, Keragaman Genetik.

Aceh waters are located between three waters, namely the Indian Ocean, Andaman Sea, and the Malacca Strait. One type of grouper fish that has a high economic tilapia in these waters is Cephalopholis miniata. The large number of market demands causes a high level of exploitation of C. miniata fish. For this reason, it is necessary to manage C. miniata for fisheries management . One of the things needed in fisheries management are accurate and precise data, including molecular data. However, molecular data for this fish is not yet available. The purpose of this study was to look at the genetic variation of C. miniata from the Banda Aceh waters with other populations using the Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) gene. This research was conducted from July to December 2022, samples were taken from Banda Aceh and then compared with Genbank samples. Fish samples collected from the study were 11 samples taken from PPS Kutaraja, Lampulo, Banda Aceh. The extraction method used is the modified C-TAB method. Furthermore, 16 COI sequences from Genbank were also used for comparison. The results showed that the population of C. miniata in Banda Aceh waters had high genetic diversity, compared to 6 other populations in Indonesia, as evidenced by the value of haplotype diversity (Hd) = 0.82 and nucleotide diversity (π) = 0 , where the population was distributed into 7 haplotypes out of 9 haplotypes in Indonesian waters. The phylogenetic tree reconstruction results show one main clade with an Fst value of 0.44 so there is no difference between populations of C. miniata in Indonesia. Keywords: Aceh Waters, Cephalopholis miniata, Genetic Diversity.