THARIQ NADHIR Primary Author mixed material bibliography Banda Aceh Fakultas mipa 2023

Skripsi

DNA Polimerase I (DNA Pol I) merupakan enzim penting dalam proses replikasi DNA, dengan aplikasi yang luas di bidang biologi molekuler. Pria Laot Sabang (PLS) 80 merupakan bakteri termohalofilik isolat lokal yang mampu menghasilkan DNA Pol I. Penelitian ini bertujuan untuk mengamplifikasi gen DNA Pol I dari PLS 80, menentukan kekerabatan berdasarkan gen tersebut dan memprediksi struktur DNA Pol I hasil translasi gen. Amplifikasi gen DNA Pol I dilakukan dengan metode PCR menggunakan dua pasang primer, yaitu FP4-RP4 (amplicon ±2700 bp) dan FP3-RP2 (amplicon ±1000 bp). Berdasarkan urutan basa gen DNA Pol I, PLS 80 memiliki homologi tertinggi dengan Geobacillus thermoleovorans strains ARTRW1 dan G. thermoleovorans CCB US3 UF5. Sementara itu, analisis pohon filogenetik menggunakan gen DNA Pol I menunjukkan PLS 80 memiliki kekerabatan terdekat dengan G. thermocatenulatus strain KCTC 3921. Prediksi struktur DNA Pol I dari PLS 80 dengan SWISS-MODEL dilakukan menggunakan DNA Pol I dari G. kaustophilus strain HTA26 (4dqi.1) karena menunjukkan persentase identitas dan nilai Global Model Quality Estimate (GMQE) tertinggi. Pemodelan menggunakan template 4dqi menghasilkan struktur DNA Pol I yang hanya memiliki domain 5’-3’ eksonuklease dan 5’-3’ polimerisasi. Prediksi struktur menggunakan model protein dari Thermus aquaticus dengan homologi rendah (41%) menunjukkan adanya domain 3’-5’ proof reading. Analisis geometri menunjukkan perbedaan jarak yang signifikan pada residu Asp di sisi aktif domain 5’-3’ polimerisasi antar kedua protein. Analisis lebih lanjut menggunakan metode Deep learning menunjukkan bahwa struktur DNA Pol I dari PLS 80 berbentuk monomer dan memiliki tiga domain utama. Struktur yang dihasilkan memiliki geometri sisi aktif 5’-3’ polimerisasi yang lebih mirip dengan struktur 4dqi.1. Hasil prediksi struktur ini perlu dieksplorasi lebih lanjut untuk menggali keunikan DNA Pol I dari PLS 80. 0 ELECTRONIC THESES AND DISSERTATION Universitas Syiah Kuala 107884 2023-01-03 12:14:40 2023-01-03 14:38:28 machine generated