Electronic Theses and Dissertation

SARS-CoV-2 adalah virus yang berasal dari ordo Nidovirales, famili Coronaviridae dan subfamili Coronavirinae. Laju mutasi pada virus SARS-CoV-2 ditemukan sebanyak satu atau dua mutasi setiap bulannya. Mempelajari mutasi virus SARS-CoV-2 dapat membantu memahami bagaimana siklus evolusi dan hubungan kekerabatan dari virus tersebut. Studi yang dapat dilakukan untuk mempelajari mutasi adalah dengan menganalisis Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Penelitian ini bertujuan mempelajari dan menganalisis SNP pada varian virus SARS-CoV-2 di Aceh. Penelitian ini menggunakan pendekatan Single Nucleotide Polymorphism Analysis untuk melihat mutasi yang terjadi pada 87 data sekuens virus SARS-CoV-2 Provinsi Aceh yang didapatkan dari GISAID. Hasil penelitian menunjukkan adanya 62 jenis varian yang terjadi pada data sekuens SARS-CoV-2 Provinsi Aceh dengan 60 jenis SNP dan 2 jenis delesi. Penelitian ini mendapatkan nilai rasio missense variant/silent variant (Ka/Ks) bernilai >1 yang bermakna seleksi mutasi telah bertindak untuk mengubah protein (positive selection). Validasi 44 jenis varian missense yang berhasil diidentifikasi dari hasil analisis terdeteksi pada mutasi asli varian Pango.

The SARS-CoV-2 virus is a virus derived from the order Nidovirales, the family Coronaviridae, and the subfamily Coronavirinae. The mutation rate in the SARS-CoV-2 virus is found to be as many as one or two mutations per month. Studying mutations of the SARS-CoV-2 virus can help understand how the evolutionary cycle and kinship of the virus are. Studies that can be done to study mutations are to analyze Single Nucleotide Polymorphism (SNP). This study aims to study and analyze SNPs in the SARS-CoV-2 virus variant in Aceh. This study used the Single Nucleotide Polymorphism Analysis approach to see mutations that occurred in 87 sequence data of the SARS-CoV-2 virus in Aceh Province, obtained from GISAID. The results showed that there were 62 types of variants that occurred in the SARS-CoV-2 sequence data of Aceh Province, with 60 types of SNP and 2 types of deletion. This study obtained a missense variant/silent variant (Ka/Ks) ratio value of > 1, which means that mutation selection has acted to change proteins (positive selection). The validation of 44 types of missense variants that were successfully identified from the results of the analysis was detected in the original mutation of the Pango variant.