Electronic Theses and Dissertation

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengamplifikasi gen dna pol i dari bakteri termo-halofilik pria laot sabang (pls) a dengan teknik gene walking. amplifikasi dilakukan dengan metode pcr menggunakan enam pasang primer, yaitu fp4-rp4, fp4-rp5, fpk-rpb, fp3-rp2, fp5-rp1 dan fp1-rp4. dari semua primer, hanya empat pasang primer yang menghasilkan amplikon, yaitu fp4-rp5, fpk-rpb, fp3-rp2 dan fp5-rp1 dengan suhu annealing masing-masing 67,5, 62,9, 60,5 dan 68,2°c. ukuran gen ketika diamplifikasi menggunakan fp4-rp5 dan fpk-rpb primer adalah 1216 bp (fragmen forward), sedangkan ketika menggunakan fp3-rp2, fp5-rp1 dan fpk-rpb primer adalah 1192 bp (fragmen reverse). fragmen gabungan menghasilkan gen berukuran 2408 bp, yang sekitar 300 bp lebih kecil dari gen dna pol i utuh. analisis homologi dari fragmen forward menunjukkan bahwa pls a memiliki kekerabatan terdekat dengan bacillus caldolyticus strain neb414 (kemiripan 99%). ketika fragmen reverse digunakan, pls a memiliki kekerabatan terdekat dengan geobacillus thermoleovorans ccb_us3_uf5 (kemiripan 97%). ketika fragmen gabungan digunakan, pls a memiliki kekerabatan terdekat dengan bacillus caldolyticus strain neb414 (87% kesamaan). analisis pohon filogenetik menggunakan fragmen forward menunjukkan bahwa pls a memiliki kekerabatan terdekat dengan bacillus caldolyticus strain neb414. bila menggunakan fragmen reverse dan kombinasi kedua fragmen, pls a memiliki kekerabatan terdekat dengan bacillus caldolyticus strain xm. prediksi struktural menggunakan swiss model menunjukkan bahwa dna pol i yang diterjemahkan dari fragmen forward adalah bagian dari domain eksonuklease 5' ke 3' dan memiliki kesamaan struktural dengan thermus aquaticus. dna pol i yang diterjemahkan dari fragmen reverse adalah bagian dari domain polimerase dan memiliki kemiripan struktural dengan geobacillus stearothermophilus. amplifikasi lengkap gen utuh dna pol i masih diperlukan agar struktur protein dapat diterjemahkan sepenuhnya.