Electronic Theses and Dissertation

Dalam beberapa tahun terakhir, jumlah sekuen protein yang telah diketahui terus meningkat dengan cepat. sebaliknya, peningkatan jumlah struktur protein yang telah diketahui jauh lebih lambat. data sekuen protein yang telah diketahui dan disimpan di server database uniprot tercatat pada 13 februari 2019 berjumlah sebanyak 158.817.814 entri dan jumlah struktur protein yang telah diketahui dan disimpan di server pdb yang tercatat pada 14 juni 2019 berjumlah sebanyak 152.800 entri. situasi yang tidak seimbang ini telah membatasi kemampuan para peneliti untuk memahami mekanisme protein pada tingkat molekuler. penentuan struktur protein dengan cara pengujian di laboratorium memakan waktu dan biaya yang sangat besar. metode teoritis dapat digunakan sebagai cara alternatif untuk menentukan struktur protein dari sekuen protein. oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk memodelkan protein rubisco pada beberapa spesies dari ordo malvales berdasarkan template 4rub, yaitu crystal form dari ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (rubisco) dari nicotiana tabacum (tobacco) dengan metode homology modeling menggunakan program swiss-model. hasil penelitian menunjukkan bahwa struktur hasil prediksi memiliki tingkat kemiripan yang sangat tinggi yang ditunjukkan dengan tingginya tingkat sequence identity yang melebihi 94%. struktur hasil prediksi juga merupakan struktur dengan kualitas yang baik karena lebih dari 90% residunya berada pada wilayah most favoured regions pada ramachandran plot dan residu non-glycine yang berada pada wilayah disallowed regions lebih kecil dari 15%.