Electronic Theses and Dissertation

Fragmen 0,9 kb gen dna polimerase i dari tiga bakteri termofilik isolat jaboi, pls a dan 80 telah berhasil diamplifikasi dan ditentukan urutan basanya. bakteri termohalofilik isolat pls a dan 80 ditumbuhkan pada media padat ½ thermus (½ t) yang telah dimodifikasi, sedangkan isolat jaboi menggunakan media padat ½ lisogeny broth (½ lb). dna kromosom dari bakteri termofilik isolat jaboi, pls a dan 80 diamplifikasi menggunakan 2 pasang primer yaitu fp2 dan rp1 untuk amplifikasi fragmen 0,9 kb, serta fp1 dan rp1 untuk amplifikasi fragmen 0,6 kb. fragmen gen dari bakteri isolat jaboi, pls a dan 80 diidentifikasi urutan basanya menggunakan metode direct sequencing blast dengan panjang urutan masing-masing 921 bp dan 642 bp. urutan basa dari ketiga isolat selanjutnya dihomologikan dengan data gen di genbank ncbi. hasil homologi fragmen 0,9 kb gen dna polimerase i dari ketiga isolat menunjukkan bahwa ketiga isolat memiliki kekerabatan terdekat dengan filum geobacillus thermoleovorans dengan nilai sequence similarity 99%. konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode bootstrap dan neighbor-joining pada aplikasi mega 6. hasil konstruksi menunjukkan bahwa fragmen 0,9 kb gen dna polimerase i dari isolat jaboi memiliki kekerabatan terdekat dengan geobacillus thermoleovorans, namun pls a dan 80 berada pada cabang tersendiri (outgroup), sehingga diduga berasal dari urutan sekuen yang baru. prediksi struktur protein fragmen 0,9 kb dna polimerase i dari ketiga isolat menggunakan metode pemodelan struktur. hasil prediksi menunjukkan bahwa fragmen ini merupakan bagian dari domain polimerase dan mempunyai homologi dengan domain polimerase dari geobacillus stearothermophilus.