Electronic Theses and Dissertation

Selar crumenopthamus termasuk dalam famili carangidae. ikan selar merupakan salah satu komoditas penting dan menjadikannya target utama tangkapan nelayan. potensi sumber daya selar crumenophthalmus cukup besar namun jika di eksploitasi secara terus menerus tanpa adanya suatu pengelolaan yang lebih bertanggung jawab dan berkelanjutan maka di waktu yang akan datang mengalami degradasi dan penurunan stok. penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik, struktur populasi, dan konektivitas genetik ikan selar crumenophthalmus yang berasal dari beberapa perairan di indonesia dan sekitarnya, khususnya aceh, jawa timur, bali, malaysia, india, simeulue, filipina, dan china. analisis dilakukan menggunakan sekuen gen mitokondria coi sepanjang 639 bp yang diperoleh dari 23 individu. hasil identifikasi menunjukkan tingkat homologi yang tinggi antar sampel, dengan nilai kemiripan > 99% pada database blast dan bold system. analisis pohon filogenetik membuktikan bahwa selar crumenophthalmus membentuk kelompok yang berkerabat dekat dengan selar boops, didukung nilai bootstrap tinggi (96%). nilai keragaman genetik (hd) pada populasi aceh sangat tinggi (hd=1 di langsa dan 0,5 di simeulue), menandakan potensi adaptasi yang baik terhadap perubahan lingkungan. analisis amova menunjukkan diferensiasi genetik antar populasi yang sangat tinggi (fst=0,85774), sedangkan jarak genetik terdekat ditemukan antara bali dan jawa timur (0,419) akibat keterhubungan perairan dan jarak geografis yang dekat, sementara jarak terjauh antara langsa dan india (1,318) akibat hambatan geografis dan oseanografi. analisis jaringan haplotipe mengidentifikasi haplotipe pusat (h-3) yang dimiliki oleh populasi jawa timur, bali, dan malaysia, mengindikasikan konektivitas genetik yang tinggi di antara wilayah tersebut. penelitian ini menegaskan pentingnya arus laut, migrasi, dan keterhubungan habitat dalam menjaga aliran gen dan struktur genetik populasi ikan pelagis di wilayah tropis. informasi ini sangat penting untuk pengelolaan dan konservasi sumber daya ikan selar crumenophthalmus secara berkelanjutan. kata kunci: selar crumenophthalmus, keragaman genetik, konektivitas coi haplotipe, amova, pohon filogenetik.

Selar crumenophthalmus belongs to the family Carangidae. This fish is an important commodity and has become a primary target for fishermen. The potential of Selar crumenophthalmus resources is quite large; however, if it is continuously exploited without responsible and sustainable management, it will experience degradation and a decline in stock in the future. This study aims to analyze the genetic diversity, population structure, and genetic connectivity of Selar crumenophthalmus from several waters in Indonesia and surrounding regions, specifically Aceh, East Java, Bali, Malaysia, India, Simeulue, the Philippines, and China. The analysis was conducted using mitochondrial COI gene sequences of 639 bp obtained from 23 individuals. Identification results showed a high level of homology among samples, with similarity values > 99% in the BLAST and BOLD System databases. Phylogenetic tree analysis confirmed that Selar crumenophthalmus forms a closely related group with Selar boops, supported by a high bootstrap value (96%). Genetic diversity (Hd) in the Aceh population was very high (Hd=1 in Langsa and 0.5 in Simeulue), indicating good adaptive potential to environmental changes. AMOVA analysis revealed very high genetic differentiation among populations (FST=0.85774), while the closest genetic distance was found between Bali and East Java (0.419) due to water connectivity and geographic proximity, and the farthest distance between Langsa and India (1.318) due to geographic and oceanographic barriers. Haplotype network analysis identified a central haplotype (H-3) shared by populations from East Java, Bali, and Malaysia, indicating high genetic connectivity among these regions. These findings emphasize the importance of ocean currents, migration, and habitat connectivity in maintaining gene flow and the genetic structure of pelagic fish populations in tropical areas. This information is crucial for the sustainable management and conservation of Selar crumenophthalmus resources. Keywords: Selar crumenophthalmus, genetic diversity, connectivity, COI, haplotype, AMOVA, phylogenetic tree