Electronic Theses and Dissertation

Ternak kerbau (bubalus bubalis) merupakan plasma nutfah yang perlu dilestarikan. keanekaragaman hayati sangat penting untuk meminimalkan hilangnya variasi genetik. identifikasi keragaman genetik dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk mengungkap variasi dalam spesies, menganalisis distribusi geografis genetik (filogeografi), salah satu cara yang dapat dilakukan untuk mempermudah identifikasi keragaman genetik pada kerbau lokal di aceh selatan dan kerbau gayo adalah dengan menggunakan analisis sekuens dna mitokondria gen cytochrome-b. tujuan penelitian ini untuk mengetahui hubungan kekerabatan kerbau (bubalus bubalis) lokal di aceh selatan dan kerbau gayo berdasarkan analisis sekuens dna mitokondria gen cytochrome- b. penelitian ini menggunakan delapan sampel yaitu empat kerbau lokal di aceh selatan dan empat sampel kerbau gayo. adapun metode penelitian yang dilakukan yaitu isolasi dna genom, uji kualitas dna, pcr, uji kualitas produk pcr, purifikasi produk pcr, sekuensing dna dilakukan menggunakan metode sanger sequencing, analisis hasil sekuensing dilakukan selatan dan kerbau gayo membentuk klaster yang terpisah. hal ini menandakan bahwa kerbau lokal di aceh selatan dengan kerbau gayo terdapat perbedaan menggunakan program mega 11. penjajaran sekuens kerbau dilakukan dengan allighnment by clustalw. konstruksi pohon filogenetik dari sekuens kerbau dilakukan dengan metode test neighbor-joining tree, model evolusi kimura 2 parameter dengan boostrap 1000x replikasi. hasil penelitian yang telah dilakukan menunjukkan bahwa kerbau lokal di aceh selatan dengan kerbau gayo memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dilihat dari hasil analisis jarak genetik dan analisis pohon filogenetik. dapat kita lihat dari nilai jarak genetik tertinggi antara kerbau lokal di aceh selatan (1b) dan kerbau gayo (k4) dengan nilai (0,0306). apabila semakin besar jarak genetik antar bangsa ternak maka semakin jauh pula hubungan genetiknya dan jika semakin kecil jarak genetik maka semakin dekat hubungan genetiknya. dari analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa kerbau lokal di aceh dalam susunan genetik antara kedua populasi kerbau tersebut.

Water buffalo (Bubalus bubalis) constitute a valuable genetic resource that needs to be conserved. Biodiversity is crucial for minimizing the loss of genetic variation. Identification of genetic diversity can be used as a genetic marker to uncover variation within species and analyze the geographic distribution of genetics (phylogeography). One method that can facilitate the identification of genetic diversity in local buffalo in South Aceh and Gayo buffalo is by using mitochondrial DNA sequence analysis of the cytochrome-b gene. The purpose of this study was to determine the kinship between local buffalo (Bubalus bubalis) in South Aceh and Gayo buffalo based on mitochondrial DNA sequence analysis of the cytochrome-b gene. This study used eight samples: four local buffalo in South Aceh and four Gayo buffalo samples. The research methods used included genomic DNA isolation, DNA quality testing, PCR, PCR product quality testing, PCR product purification. DNA sequencing was performed using the Sanger Sequencing method. Analysis of the sequencing results showed that the South and Gayo buffalo formed separate clusters. This indicates that local buffalo in South Aceh and Gayo buffalo are distinct using the MEGA 11 program. Buffalo sequence alignment was performed using alignment by clustalW. Phylogenetic tree construction from buffalo sequences was performed using the neighbor-joining tree method, using the Kimura 2-parameter evolutionary model with 1000x Bootstrap replication. The results of this study indicate that local buffalo in South Aceh and Gayo buffalo are distantly related, as seen from genetic distance analysis and phylogenetic tree analysis. The highest genetic distance value is between local buffalo in South Aceh (1B) and Gayo buffalo (K4), with a value of 0.0306. The greater the genetic distance between breeds, the more distant the genetic relationship, and the smaller the genetic distance, the closer the genetic relationship. The phylogenetic tree analysis indicates that local buffalo in Aceh are genetically related to both populations.