Electronic Theses and Dissertation

Kerbau (bubalus bubalis) merupakan salah satu hewan ternak yang memiliki peran penting dalam sektor pertanian dan peternakan di indonesia. keberadaannya tidak hanya dimanfaatkan sebagai sumber tenaga kerja dalam pertanian, tetapi juga sebagai sumberpangan seperti daging dan susu. kerbau di indonesia terdiri dari berbagai populasi lokal yang tersebar di beberapa daerah, termasuk kerbau gayo di bener meriah dan kerbau aceh barat daya. perbedaan karakteristik morfologi dan adaptasi lingkungan di setiap daerah menyebabkan adanya variasi genetik yang signifikan di antara populasi kerbau tersebut. oleh karena itu, penting untuk memahami hubungan kekerabatan antara berbagai populasi kerbau guna menjaga keanekaragaman genetik serta mendukung upaya konservasi dan peningkatan produktivitas ternak. analisis hubungan kekerabatan hewan ternak dapat dilakukan menggunakan berbagai pendekatan, salah satunya adalah analisis sekuens dna mitokondria (mtdna) gen cytochrome-b. penelitian ini dilaksanakan mulai bulan februari sampai dengan juni 2025. pengambilan sampel darah kerbau gayo dilakukan di kecamatan bandar kabupaten bener meriah dan pengambilan sampel darah kerbau lokal di kabupaten aceh barat daya meliputi 4 kecamatan yakni blang pidie, lembah sabil, kuala bate dan jeumpa. analisis molekuler sampel kerbau dilakukan di laboratorium veteriner, fakultas kedokteran hewan universitas syiah kuala dan first base malaysia. penelitian ini dimulai dengan isolasi dna menggunakan genomic dna mini kit (geneaid) dan dilanjutkan dengan pcr. primer yang digunakan yaitu primer forward (cytb_f) l14841 (5'aaaaagcttccatccaacatctcagcatgatgaaa-3') dan reverse (cytb_r) h15149 (5' aaactgcagcccctcagaatgatattt-gtcctca-3'). sekuens hasil pcr dilakukan dengan metode sanger sekuensing. analisa hasil sekuensing dilakukan menggunakan program mega 11.0 dan kontruksi pohon filogenetik dilakukan dengan metode test neighbor-joining tree. berdasarkan analisis filogenetik, jarak genetik, dan komposisi nukleotida, dapat disimpulkan bahwa hubungan antara kerbau gayo dan kerbau lokal aceh barat daya menunjukkan bahwa meskipun berasal dari provinsi yang sama, kedua populasi ini memiliki perbedaan genetik yang cukup signifikan dan hubungan kekerabatan yang jauh. hal ini tercermin dari terbentuknya dua klaster berbeda dalam pohon filogenetik serta adanya nilai jarak genetik yang cukup tinggi di antara beberapa individunya (terutama antara gayo k4 dan aceh barat daya bl-e dengan nilai 0.0344). dengan demikian, kedua populasi ini kemungkinan memiliki sejarah domestikasi atau adaptasi lokal yang berbeda dan perlu dikelola sebagai dua rumpun genetik yang terpisah dalam program konservasi dan pemuliaan.

The water buffalo (Bubalus bubalis) is a livestock animal that plays a vital role in the agricultural and livestock sectors in Indonesia. They are utilized not only as a labor source in agriculture but also as a food source, providing meat and milk. Indonesian water buffaloes consist of various local populations spread across several regions, including the Gayo buffalo in Bener Meriah and the Southwest Aceh buffalo. Differences in morphological characteristics and environmental adaptation in each region result in significant genetic variation among these buffalo populations. Therefore, it is important to understand the kinship relationships between various buffalo populations to maintain genetic diversity and support conservation efforts and increase livestock productivity. Analysis of livestock kinship relationships can be conducted using various approaches, one of which is mitochondrial DNA (mtDNA) sequence analysis of the cytochrome-b gene. This research was conducted from February to June 2025. Blood samples from Gayo buffalo were collected in Bandar District, Bener Meriah Regency, and blood samples from local buffalo were collected in Southwest Aceh Regency, covering four districts: Blang Pidie, Lembah Sabil, Kuala Bate, and Jeumpa. Molecular analysis of the buffalo samples was conducted at the Veterinary Laboratory, Faculty of Veterinary Medicine, Syiah Kuala University, and First Base Malaysia. This study began with DNA isolation using the Genomic DNA Mini Kit (Geneaid) and continued with PCR. The primers used were forward (Cytb_F) L14841 (5'AAAAAGCTTCCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA-3') and reverse (Cytb_R) H15149 (5'AAACTGCAGCCCCTCAGAATGATATTT-GTCCTCA-3'). The PCR results were sequenced using the Sanger sequencing method. Sequencing results were analyzed using the MEGA 11.0 program, and phylogenetic trees were constructed using the neighbor-joining tree test method. Based on phylogenetic analysis, genetic distance, and nucleotide composition, it can be concluded that the relationship between the Gayo buffalo and the local Aceh Barat Daya buffalo indicates that, despite originating from the same province, these two populations have significant genetic differences and are distantly related. This is reflected in the formation of two distinct clusters in the phylogenetic tree and the relatively high genetic distance between several individuals (particularly between Gayo K4 and Aceh Barat Daya BL-E, with a value of 0.0344). Therefore, these two populations likely have different histories of domestication or local adaptation and should be managed as separate genetic groups in conservation and breeding programs.