Electronic Theses and Dissertation

Sars-cov-2 adalah virus yang menyebabkan penyakit covid-19 yang menjadi pandemi pada tahun 2020. protein spike adalah protein yang berperan untuk mengenali reseptor hace2 pada manusia. penelitian ini bertujuan untuk melihat bagaimana hubungan kekerabatan antara setiap sampel virus di aceh dan bagaimana kekerabatannya dengan sampel yang diisolasi dari wuhan. penelitian ini menggunakan total 270 data sekuen asal aceh dan satu sekuen referensi asal wuhan. berdasarkan penamaan who terdapat tiga varian yang tersebar di aceh yaitu original, delta dan omikron, lalu berdasarkan penamaan pango lineages terdapat 33 sub-varian. analisa mutasi dilakukan dengan menggunakan alat covsurver yang terdapat pada situs gisaid. rekonstruksi pohon dilakukan dengan dua metode yakni maximum likelihood dan neighbor joining. hasil analisis dari penelitian ini didapatkan mutasi pada varian original mengalami enam mutasi asam amino, delta mengalami 16 mutasi asam amino dan omikron mengalami 40 mutasi asam amino. hasil rekonstruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa varian delta dan original berasal dari satu nenek moyang yang sama, sedangkan pada omikron ba.1 tidak berasal dari nenek moyang yang sama dengan varian omikron yang lainnya. pohon filogenetik yang direkonstruksi menggunakan metode neighbor joining dan maximum likelihood menghasilkan topologi pohon yang serupa, dengan waktu rekonstruksi pada metode neighbor joining lebih singkat yaitu selama tiga menit 10 detik dan metode maximum likelihood selama enam jam 59 menit. kata kunci: sars-cov-2, protein spike, hubungan kekerabatan, analisis mutasi.

SARS-CoV-2 is the virus that causes the disease COVID-19 which became a pandemic in 2020. Spike protein is a protein whose role is to recognize the hACE2 receptor in humans. This study aims to see how related each virus sample in Aceh is and how related it is to the samples isolated from Wuhan. This study used a total of 270 sequence data from Aceh and one reference sequence from Wuhan. Based on WHO nomenclature there are three variants spread in Aceh i.e., Original, Delta and Omicron, then based on Pango lineages nomenclature there is 33 sub-variants. Mutation analysis was carried out using the CoVSurver tool available on the GISAID website. Tree reconstruction was carried out using two methods, namely Maximum Likelihood and Neighbor Joining. The results of this study found that the mutation analysis in the Original variant had six amino acid mutation, Delta had 16 amino acid mutations and Omicron had 40 amino acid mutations. The results of the phylogenetic tree reconstruction show that the Delta and Original variants come from a common ancestor, whereas Omicron BA.1 does not originate from a common ancestor with the other Omicron variants. Phylogenetic trees reconstructed using the Neighbor Joining method and Maximum Likelihood method has similar topology with a shorter reconstruction time for the Neighbor Joining method above three minutes and 10 seconds and the Maximum Likelihood method for six hours and 59 minutes. Keywords: SARS-CoV-2, protein spike, genetic relationship, mutation analysis.