Electronic Theses and Dissertation

Suku dipterocarpaceae yang mendominasi hutan dataran rendah memiliki nilai ekonomi tinggi. saat ini sebagian besar jenisnya dimanfaatkan sebagai kayu untuk berbagai keperluan, terutama di wilayah asia tenggara. informasi genetik pada tumbuhan suku dipterocarpaceae terus berkembang dengan pesat. informasi ini dapat digunakan untuk analisis kekerabatan, evolusi ataupun untuk identifikasi jenis dengan bantuan dna barcoding. data dan informasi dapat dimanfaatkan untuk keperluan praktis seperti kegiatan konservasi sumber daya genetik pada tumbuhan yang terancam punah. penelitian ini dilakukan untuk menemukan penanda genetik dari kloroplas yang dapat digunakan untuk membantu analisis taksonomi molekuler dari suku dipterocarpaceae. penelitian dimulai dengan tahapan ekstraksi pada sampel yang telah dikoleksi dari desa ketambe, aceh tenggara menggunakan metode ctab. hasil ekstraksi selanjutnya disekuensing menggunakan minion oxford nanopore technologies (ont), hasil sekuensing berupa file fast5 dikonversi menjadi fastq dan dilanjutkan dengan tahapan quality control, assembly, dan polishing dan tahapan anotasi untuk mendapatkan sekuen penanda kloroplas. hasil identifikasi morfologi dari ketiga sampel yang dikoleksi adalah parashorea lucida (dipt.1), shorea hopeifolia (dipt.2), dan shorea parvifolia (dipt.3). hasil konstruksi pohon filogeni pada sampel dipt.1 (parashorea lucida) berdasarkan penanda matk berkerabat dekat dengan jenis parashorea tomentella, p. macrophylla, dan p. malaanonan dengan nilai bootstrap sebesar 93%, berdasarkan penanda trnh-psba membentuk kelompok yang terpisah dengan genus shorea, sedangkan dengan menggunakan penanda rps16-trnk(uuu) dipt.1 membentuk kelompok monofiletik dengan p. macrophylla.

The Dipterocarpaceae tribe that dominates lowland forests have high economic value. Currently, most of the species are used as wood for various purposes, especially in Southeast Asia. Genetic information on plants of the Dipterocarpaceae tribe continues to grow rapidly. This information can be used for phylogenetic analysis, evolution or for species identification using DNA barcoding. Data and information can be used for practical purposes such as conservation of genetic resources in endangered plants. This study was conducted to find genetic markers from chloroplasts that can be used to assist in molecular taxonomic analysis of the Dipterocarpaceae. The study began with the extraction step on samples that had been collected from Ketambe Village, Southeast Aceh using the CTAB method. The extraction results were then sequenced using MinION Oxford Nanopore Technologies (ONT), the results of the sequencing in the form of a FAST5 file were converted to FASTQ and continued with the quality control, assembly, and polishing step and annotation step to obtain the chloroplast marker sequences. The results of the morphological identification of the three samples collected were Parashorea lucida (Dipt.1), Shorea hopeifolia (Dipt.2), and Shorea parvifolia (Dipt.3). The results of the phylogenetic tree construction in the Dipt.1 (Parashorea lucida) sample based on the matK marker are closely related to the Parashorea tomentella, P. macrophylla, and P. malaanonan species with a bootstrap value of 93%, based on the trnH-psbA marker forming a separate group with the Shorea, whereas using the marker rps16-trnK(UUU) Dipt.1 formed a monophyletic group with P. macrophylla.