Electronic Theses and Dissertation

Cempaka yang dikenal sebagai puspa daerah Aceh, merupakan tumbuhan famili Magnoliaceae yang memiliki banyak manfaat baik di bidang kesehatan, industri, dan lain sebagainya. Tumbuhan cempaka yang biasanya dimanfaatkan dan dibudidayakan oleh masyarakat yaitu Magnolia champaca L. (cempaka kuning) dan Magnolia alba (DC.) Figlar (cempaka putih). DNA barcoding merupakan salah satu metode identifikasi molekuler yang mampu mengidentifikasi spesimen menggunakan fragmen sekuens gen yang sangat pendek (gen penanda). Gen ITS digunakan sebagai gen penanda pada penelitian ini karena derajat variasinya yang tinggi dan mudah diamplifikasi. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengetahui urutan nukleotida tumbuhan cempaka kuning dan cempaka putih dengan teknik DNA barcoding menggunakan gen internal transcribed spacer (ITS) untuk ditambahkan ke GenBank di NCBI, serta mengetahui hubungan kekerabatan antara tumbuhan cempaka kuning dan cempaka putih. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif dengan tahap isolasi DNA, amplifikasi, sequencing dan konstruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA dengan metode maximum parsimony serta bootstrap 1000 pengulangan. Hasil amplifikasi menunjukkan ukuran dari semua sampel berkisar antara 600-700 bp. Analisis BLAST dan konstruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa sampel cempaka putih 1 (CP1) dan cempaka putih 3 (CP3) mengelompok dengan Magnolia campbellii. Sampel cempaka kuning 2 (CK2), cempaka kuning 3 (CK3), cempaka putih (CP1), dan cempaka putih 3 (CP3) membentuk sister clade dengan Magnolia macrophylla. Berdasarkan hasil tersebut menunjukkan bahwa gen ITS belum mampu mendeterminasi cempaka kuning dan cempaka putih hingga ke tingkat spesies, namun hanya mampu mendeterminasi hingga ke tingkat genus.

Kata kunci: Magnolia champaca L., Magnolia alba (DC.) Figlar, DNA Barcoding, Internal Transcribed Spacer (ITS).

Champaca, which is known as Aceh’s regional heirloom, is a plant of the Magnoliaceae family that has many benefits in the fields of health, industry, and others. Champaca that are usually utilized and cultivated by the community are Magnolia champaca L. (yellow champaca) and Magnolia alba (DC.) Figlar (white champaca). DNA barcoding is one of the molecular identification methods that can identify specimens using very short gene sequence fragments (mark genes). The ITS gene was used as a marker gene in this study because of its high degree of variation and easy amplification. The purpose of this study was to determine the nucleotide sequence of yellow champaca and white champaca plants with DNA barcoding techniques using the internal transcribed spacer (ITS) gene to be added to GenBank at NCBI, and to determine the kinship relationship between yellow champaca and white champaca. This research uses decriptive method with DNA isolation, amplification, sequencing and phylogenetic tree construction using MEGA with maximum parsimony method and 1000 repetition bootstrap. Amplification results showed the size of all samples ranged from 600-700 bp. BLAST analysis and phylogenetic tree construction showed that white champaca 1 (CP1) and white champaca 3 (CP3) samples clustered with Magnolia campbellii.. Samples of yellow champaca 2 (CK2), yellow champaca 3 (CK3), white champaca 1 (CP1), and white champaca 3 (CP3) form a sister clade with Magnolia macrophylla. Based on these results, it shows that the ITS gene has not been able to determine yellow champaca and white champaca to the species level, but only able to determine up to the genus level. Keywords: Magnolia champaca L., Magnolia alba (DC.) Figlar, DNA Barcoding, Internal Transcribed Spacer (ITS)