Electronic Theses and Dissertation

Luka merupakan pemutusan kesinambungan struktur anatomi jaringan tubuh. Permasalahan luka yang sering terjadi gangguan berdasarkan waktunya terdapat pada fase proliferasi. Oleh karena itu, penghambatan terhadap protein GSK-3β dapat menjadi pendekatan yang ampuh untuk proses penyembuhan luka melalui jalur Wnt bergantung β-catenin. Di sisi lain, bunga kenanga diketahui memiliki sifat anti mikroba dan anti inflamasi, namun belum banyak penelitian yang berkaitan dengan GSK-3β. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi potensi senyawa metabolit sekunder dari bunga kenanga yang berpotensi sebagai kandidat aktivasi untuk menyembuhkan luka melalui penghambatan protein GSK-3β menggunakan pendekatan in silico atau bioinformatika. Senyawa bioaktif bunga kenanga diperoleh dari hasil GC-MS dan dilakukan screening untuk melihat efek penghambatan pada protein GSK-3β melalui molecular docking dengan parameter yang diuji berupa binding energy, hidrofobisitas dan interaksi kimia menggunakan perangkat lunak PyRx
0.9.5 yang digabungkan dengan molecular dynamic simulation menggunakan perangkat lunak YASARA versi 21 dengan parameter yang diuji yaitu root mesn square deviation (RMSD) ligan, RMSD ligan movement, RMSD backbone, binding energy, jumlah ikatan hidrogen dan root mean square fluctuation (RMSF). Berdasarkan hasil molecular docking diperoleh bahwa δ-cadinene memiliki sifat penghambatan yang sangat baik terhadap protein GSK-3β dengan nilai afinitas energi
-7.3 kkal/mol dan jumlah interaksi yang terbentuk sebanyak 12 ikatan. Tiga senyawa yang memiliki hasil docking paling baik yaitu δ-cadinene, β-copaene dan caryophyllene oxide kemudian dilanjutkan untuk molecular dynamic simulation (MDS). Berdasarkan hasil MDS diperoleh bahwa senyawa δ-cadinene memiliki kestabilan paling baik Ketika disimulasikan pada kondisi tubuh manusia. Secara umum, penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa δ-cadinene dari bunga kenanga memiliki potensi yang sangat baik sebagai penghambat protein GSK-3β dan menjadi kandidat pengobatan luka.

A wound is a break in the continuity of the anatomical structure of body tissue. Wound problems that often occur depending on time are in the proliferation phase. Therefore, inhibition of GSK-3β protein could be a powerful approach to the wound healing pathway β-catenin. On the other hand, ylang ylang flowers are known to have anti- microbial and anti-inflammatory properties, but there has not been much research related to GSK-3β. This research aims to explore the potential of secondary metabolite compounds from ylang ylang flowers which have potential as activation candidates for healing wounds through inhibiting the GSK-3β protein using in silico or bioinformatics approaches. The bioactive compounds of ylang ylang flowers were obtained from GC- MS results and screened to see the inhibitory effect on the GSK-3β protein through molecular docking with the parameters tested in the form of binding energy, hydrophobicity and chemical interactions using PyRx 0.9.5 software combined with molecular dynamic simulation using YASARA software version 21 with the parameters tested, namely ligand root machine square deviation (RMSD), ligand movement RMSD, backbone RMSD, binding energy, number of hydrogen bonds and root mean square fluctuation (RMSF). Based on the molecular docking results, it was found that δ-cadinene has excellent inhibitory properties against the GSK-3β protein with an energy affinity value of -7.3 kcal/mol and the number of interactions formed was 12 bonds. The three compounds that had the best docking results were δ-cadinene, β- copaene and caryophyllene oxide were then subjected to molecular dynamic simulation (MDS). Based on the MDS results, it was found that the δ-cadinene compound had the best stability when simulated in human body conditions. In general, this research shows that the δ-cadinene compound from ylang-ylang flowers has excellent potential as an inhibitor of the GSK-3β protein and is a candidate for wound treatment.