KAJIAN IN VITRO DAN IN SILICO Imelda Maelani Primary Author mixed material bibliography Banda Aceh Fakultas MIPA (S2) 2023

Theses

Protein human epidermal growth factor (hEGF) diekspresikan di dalam tubuh dengan ukuran 6,12 kDa dan berperan dalam proliferasi dan deferensiasi sel tubuh. Makromolekul ini dikode oleh gen spesifik yang dapat diisolasi dari darah. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh sekuens hasil isolasi gen penyandi protein hEGF, menentukan hubungan kekerabatan antar organisme berdasarkan gen hEGF, membangun struktur 3D protein hEGF dan menemukan posisi pengikatan yang tepat antar protein target dengan salah satu protein motorik di dalam tubuh yaitu Miosin-9. Metode yang digunakan berupa ekstraksi DNA sampel darah yang diamplifikasi menggunakan primer spesifik. Hasil amplifikasi kemudian diidentifikasi melalui tahapan sekuensing sebagai informasi untuk konstruksi pohon filogenetik. Sekuen yang diperoleh dimodelkan secara in silico menggunakan Swiss model dan protein-protein docking. DNA berhasil teramplifikasi dengan ukuran 700 bp pada tiga sampel. Hasil konstruksi filogenetik menunjukkan tiga sampel gen hEGF berada pada clade yang sama. Sekuen hasil pensejajaran yang telah dimodelkan menggunakan Swiss model menghasilkan protein yang tidak homolog dengan identity seq 90%. Hasil simulasi docking yang diperoleh berupa nilai i-RMSD protein target 5.4 +/- 0.4, energi Van der Waals -29.3 +/- 1.7, dan Z-score -1,7. Hasil tersebut menunjukkan adanya interaksi antara protein EGF hasil isolasi dengan Miosin-9 yang diuji. Kata kunci : hEGF, isolasi DNA, filogenetik, pemodelan protein, docking. 0 ELECTRONIC THESES AND DISSERTATION Universitas Syiah Kuala 108610 2023-02-24 15:13:10 2023-02-24 15:18:33 machine generated